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- PDB-3wpm: Crystal structure of the anaerobic DesB-gallate complex by co-cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wpm
タイトルCrystal structure of the anaerobic DesB-gallate complex by co-crystallization
要素Gallate dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / type II extradiol dioxygenase / domain-swap dimer / extradiol dioxygenase / Fe2+ binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / dioxygenase activity / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Gallate dioxygenase, N-terminal / Gallate dioxygenase, C-terminal / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain A / Dioxygenase LigAB, LigA subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit / Dioxygenase LigAB, LigA subunit superfamily / Aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB, LigA subunit / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B ...Gallate dioxygenase, N-terminal / Gallate dioxygenase, C-terminal / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain A / Dioxygenase LigAB, LigA subunit / Protocatechuate 4,5-dioxygenase; Chain B / LigB-like / Extradiol ring-cleavage dioxygenase LigAB, LigA subunit / Dioxygenase LigAB, LigA subunit superfamily / Aromatic-ring-opening dioxygenase LigAB, LigA subunit / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Gallate dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sugimoto, K. / Senda, M. / Kasai, D. / Fukuda, M. / Masai, E. / Senda, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Molecular Mechanism of Strict Substrate Specificity of an Extradiol Dioxygenase, DesB, Derived from Sphingobium sp. SYK-6
著者: Sugimoto, K. / Senda, M. / Kasai, D. / Fukuda, M. / Masai, E. / Senda, T.
履歴
登録2014年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gallate dioxygenase
B: Gallate dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,1885
ポリマ－93,9062
非ポリマー2823
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9880 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.105, 64.185, 117.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Gallate dioxygenase


分子量: 46953.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sphingobium (バクテリア) / 株: SYK-6 / 遺伝子: desB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: G2IKE5, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GDE / 3,4,5-trihydroxybenzoic acid / Gallate / 没食子酸


分子量: 170.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 26% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 0.1M HEPES-NaOH, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月23日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→56.3 Å / Num. all: 29276 / Num. obs: 29197 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WKU

3wku


解像度: 2.5→43.893 Å / FOM work R set: 0.7063 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 35.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2957 1467 5.02 %RANDOM
Rwork0.2254 ---
all0.229 29197 --
obs0.229 29187 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.65 Å2 / Biso mean: 42.19 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6288 0 14 1 6303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2358817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7222294
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.5410.3971430.326226632806100
2.541-2.58480.29241350.301425962731100
2.5848-2.63180.4121430.290727072850100
2.6318-2.68240.38661390.278225912730100
2.6824-2.73720.38731370.275426052742100
2.7372-2.79670.46421460.285727342880100
2.7967-2.86170.4451330.294825892722100
2.8617-2.93330.39361430.279326472790100
2.9333-3.01250.33431400.261826182758100
3.0125-3.10120.32171430.26426802823100
3.1012-3.20120.35471400.26726672807100
3.2012-3.31560.4081310.264325762707100
3.3156-3.44830.36391440.253726742818100
3.4483-3.60520.28631370.253226392776100
3.6052-3.79520.29251400.229326582798100
3.7952-4.03280.3171380.216525952733100
4.0328-4.34390.27061410.19426582799100
4.3439-4.78060.21531400.175126292769100
4.7806-5.47120.21761410.17826342775100
5.4712-6.88880.25951410.197626432784100
6.8888-43.89930.17311380.15562638277699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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