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- PDB-3wp8: Acinetobacter sp. Tol 5 AtaA C-terminal Ylhead fused to GCN4 adap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wp8
タイトルAcinetobacter sp. Tol 5 AtaA C-terminal Ylhead fused to GCN4 adaptors (Chead)
要素Trimeric autotransporter adhesin
キーワードCELL ADHESION / adhesin / trimeric autotransporter adhesin / TAA / nanofiber / Ylhead / FGG / beta roll / HIM1 / adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain ...Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2 Solenoid / Alkaline Protease, subunit P, domain 1 / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trimeric autotransporter adhesin AtaA
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Koiwai, K. / Hartmann, M.D. / Yoshimoto, S. / Nur 'Izzah, N. / Suzuki, A. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hori, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Toughness and Flexibility in the C-terminal Passenger Domain of an Acinetobacter Trimeric Autotransporter Adhesin.
著者: Koiwai, K. / Hartmann, M.D. / Linke, D. / Lupas, A.N. / Hori, K.
履歴
登録2014年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trimeric autotransporter adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3851
ポリマ－34,3851
非ポリマー00
水3,261181
1
A: Trimeric autotransporter adhesin

A: Trimeric autotransporter adhesin

A: Trimeric autotransporter adhesin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,1553
ポリマ－103,1553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area30860 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area32530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.406, 54.406, 210.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3327-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Trimeric autotransporter adhesin


分子量: 34385.039 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2905-3168 / 変異: P3061G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter (バクテリア) / 株: Tol 5 / 遺伝子: ataA / プラスミド: pIBA-GCN4tri / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: K7ZP88
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 % / Mosaicity: 0.954 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6
詳細: 3% PEG 6000, 1.0M NaCl, 0.1M Na-acetate, pH 3.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月23日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. all: 24269 / Num. obs: 24269 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 2.337 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.07110.42124091.03199
2.07-2.1511.10.31724161.197199.1
2.15-2.2511.20.22624241.261199.3
2.25-2.3711.20.19124501.386199.4
2.37-2.5211.20.13923871.547199.5
2.52-2.7111.20.11324321.906199.5
2.71-2.9911.30.08724292.647199.6
2.99-3.4211.20.0824544.177199.6
3.42-4.3111.20.06324235.187199.5
4.31-5011.10.03824452.962198

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NTN

3ntn


解像度: 1.97→19.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2298 1241 5.1 %RANDOM
Rwork0.1755 ---
all0.1782 24217 --
obs0.1782 24217 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.23 Å2 / Biso mean: 41.2606 Å2 / Biso min: 14.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.02 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→19.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2293 0 0 181 2474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7641.943124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83335159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4155316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15227.52793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84815402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.481154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5313.7861267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5243.7841266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2825.6821582
LS精密化 シェル解像度: 1.973→2.024 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 69 -
Rwork0.226 1385 -
all-1454 -
obs--79.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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