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万見
- PDB-3wnp: D308A, F268V, D469Y, A513V, and Y515S quintuple mutant of Bacillu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wnp
タイトルD308A, F268V, D469Y, A513V, and Y515S quintuple mutant of Bacillus circulans T-3040 cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase complexed with isomaltoundecaose
要素Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / C2 type immunoglobulin fold / (beta/alpha)8-barrel / beta-jelly roll / Greek key / Glycoside Hydrolase / alpha-1 / 6-glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase / glycosyltransferase activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 66 / Glycosyl hydrolase family 66 / Carbohydrate binding module (family 35) / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding domain-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily ...Glycosyl hydrolase family 66 / Glycosyl hydrolase family 66 / Carbohydrate binding module (family 35) / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding domain-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Suzuki, R. / Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Momma, M. / Kimura, K. / Kitamura, S. / Kimura, A. / Funane, K.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Molecular engineering of cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase from Bacillus circulans T-3040: structural determinants for the reaction product size and reactivity.
著者: Suzuki, R. / Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Momma, M. / Kimura, K. / Kitamura, S. / Kimura, A. / Funane, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase from Bacillus circulans T-3040.
著者: Suzuki, N. / Kim, Y.M. / Momma, M. / Fujimoto, Z. / Kobayashi, M. / Kimura, A. / Funane, K.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Deletion analysis of regions at the C-terminal part of cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase from Bacillus circulans T-3040.
著者: Funane, K. / Kawabata, Y. / Suzuki, R. / Kim, Y.M. / Kang, H.K. / Suzuki, N. / Fujimoto, Z. / Kimura, A. / Kobayashi, M.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
B: Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,17522
ポリマ－158,1722
非ポリマー3,00320
水2,972165
1
A: Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,58711
ポリマ－79,0861
非ポリマー1,50110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,58711
ポリマ－79,0861
非ポリマー1,50110
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.987, 172.813, 172.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase


分子量: 79086.141 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 39-738 / 変異: D308A, F268V, D469Y, A513V, Y515S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 株: T-3040 / 遺伝子: cit / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P94286, cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpa1-6DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a6-b1_b6-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 183分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE DEPOSITORS CONFIRM THAT RESIDUE 278 IS PHE AND THAT SWISSPROT IS INCORRECT AT THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES, 10%(v/v) 1,4-dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→41.85 Å / Num. all: 45817 / Num. obs: 45408 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 60.7 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 9.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2208 / Rsym value: 0.617 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WNN

3wnn


解像度: 2.8→41.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 13.275 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24337 2243 5 %RANDOM
Rwork0.18681 ---
obs0.18962 42489 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.987 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.27 Å20 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---2.94 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.252 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10994 0 178 165 11337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.93215600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.783322964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5651396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09124.829584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.231151694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1431546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 181 -
Rwork0.303 3068 -
obs--96.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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