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- PDB-3wn7: Crystal Structure of Keap1 in Complex with the N-terminal region ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wn7
タイトルCrystal Structure of Keap1 in Complex with the N-terminal region of the Nrf2 transcription factor
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • Peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / beta-propeller / Kelch motif / Degron
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / PERK-mediated unfolded protein response / cellular response to carbohydrate stimulus / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / PERK-mediated unfolded protein response / cellular response to carbohydrate stimulus / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / cellular response to laminar fluid shear stress / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / cellular response to fluid shear stress / cellular response to angiotensin / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of innate immune response / regulation of embryonic development / transcription factor binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / cellular response to interleukin-4 / cellular response to glucose starvation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / inclusion body / cellular response to copper ion / response to endoplasmic reticulum stress / : / molecular condensate scaffold activity / cell redox homeostasis / regulation of autophagy / transcription coregulator binding / response to ischemia / positive regulation of glucose import / actin filament / protein-DNA complex / adherens junction / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / disordered domain specific binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to oxidative stress / midbody / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / focal adhesion / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / 6 Propeller / Neuraminidase / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Fukutomi, T. / Takagi, K. / Mizushima, T. / Ohuchi, N. / Yamamoto, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2014
タイトル: Kinetic, thermodynamic, and structural characterizations of the association between Nrf2-DLGex degron and Keap1
著者: Fukutomi, T. / Takagi, K. / Mizushima, T. / Ohuchi, N. / Yamamoto, M.
履歴
登録2013年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
L: Kelch-like ECH-associated protein 1
M: Peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3286
ポリマ－77,2104
非ポリマー1182
水8,809489
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6643
ポリマ－38,6052
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area12730 Å2
手法PISA
2
L: Kelch-like ECH-associated protein 1
M: Peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6643
ポリマ－38,6052
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.138, 84.394, 69.818
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 34270.109 Da / 分子数: 2 / 断片: Keap1-DC, UNP residues 321-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / NF-E2-related factor 2 / NFE2-related factor 2 / Nuclear factor / erythroid derived 2 / like 2


分子量: 4334.840 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 17-51 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q60795
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 489 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 100mM Sodium HEPES, 0.2M potassium acetate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 93450 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X2J

1x2j


解像度: 1.57→34.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.421 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22299 4688 5 %RANDOM
Rwork0.18749 ---
obs0.18923 88724 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→34.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4796 0 8 489 5293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0195176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3431.9367090
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2615683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00322.713247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21415796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3311550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1930.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0214118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.574→1.614 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 336 -
Rwork0.213 5752 -
obs--88.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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