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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3wj9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the eukaryotic initiation factor | ||||||
要素 | Eukaryotic translation initiation factor 2A | ||||||
キーワード | TRANSLATION / Beta-Propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic translational initiation / translation initiation factor activity / ribosome binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.506 Å | ||||||
データ登録者 | Kashiwagi, K. / Ito, T. / Yokoyama, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Funct Genomics / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of the eukaryotic translation initiation factor 2A from Schizosaccharomyces pombe. 著者: Kashiwagi, K. / Ito, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3wj9.cif.gz | 162.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3wj9.ent.gz | 132.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3wj9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3wj9_validation.pdf.gz | 443.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3wj9_full_validation.pdf.gz | 463.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3wj9_validation.xml.gz | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3wj9_validation.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/3wj9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46146.984 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-412 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPBC4B4.04 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74965 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3 詳細: 6% PEG 8000, 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 47788 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 51.9 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 49.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 22.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 4749 / Rsym value: 0.861 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.506→46.721 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7476 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.58 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 202.8 Å2 / Biso mean: 60.3166 Å2 / Biso min: 18.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.506→46.721 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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