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万見
- PDB-3wiw: Crystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase specific fo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wiw
タイトルCrystal structure of unsaturated glucuronyl hydrolase specific for heparin
要素Glycosyl hydrolase family 88
キーワードHYDROLASE / alpha6/alpha6-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


chondroitin hydrolase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolase, family 88 / Glycosyl Hydrolase Family 88 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosyl hydrolase family 88
類似検索 - 構成要素
生物種Pedobacter heparinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Nakamichi, Y. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a bacterial unsaturated glucuronyl hydrolase with specificity for heparin.
著者: Nakamichi, Y. / Mikami, B. / Murata, K. / Hashimoto, W.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase family 88
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9182
ポリマ－45,6801
非ポリマー2381
水7,602422
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.840, 50.960, 85.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-844-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase family 88


分子量: 45679.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pedobacter heparinus (バクテリア)
株: ATCC 13125 / DSM 2366 / NCIB 9290 / 遺伝子: Phep_2830 / プラスミド: pCold-IV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami B / 参照: UniProt: C6Y1N7
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG6000, 0.1M HEPES-Na, 0.1M lithium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日
放射モノクロメーター: Fixed exit Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 78862 / Num. obs: 78862 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3.72 / Num. unique all: 7783 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZZR

2zzr


解像度: 1.35→45.634 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1598 2001 2.54 %RANDOM
Rwork0.1318 ---
obs0.1325 78821 99.67 %-
all-78821 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→45.634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 15 422 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2264593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0341251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007595
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.35-1.38030.21351350.1491530497
1.3803-1.41760.22171500.14165480100
1.4176-1.45930.17381290.12915497100
1.4593-1.50640.15161570.11745436100
1.5064-1.56030.17731410.10785469100
1.5603-1.62270.18671350.10455479100
1.6227-1.69660.16151450.10395518100
1.6966-1.7860.14581560.11025473100
1.786-1.89790.17111350.11575500100
1.8979-2.04450.14741400.12215506100
2.0445-2.25020.14631470.12575469100
2.2502-2.57580.17211410.13955517100
2.5758-3.24510.15651450.15295561100
3.2451-45.66060.14961450.1386561199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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