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- PDB-3win: Clostridium botulinum Hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3win
タイトルClostridium botulinum Hemagglutinin
要素
  • (HA3) x 2
  • 17 kD hemagglutinin component
  • HA1
キーワードTOXIN / bacterial pathogenesis / bacterial toxins / carbohydrate-binding protein / E-cadherin / epithelial cell / protein complexes / botulinum toxin / hemagglutinin / Beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


: / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Hemagglutinin component HA-17 / Jelly Rolls - #1090 / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like ...: / Hemagglutinin component HA-17 / Jelly Rolls - #1090 / Hemagglutinin component HA-70, C-terminal / Haemagglutinin 70 C-terminal domain / Proaerolysin; Chain A, domain 3 - #20 / Proaerolysin; Chain A, domain 3 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Beta Complex / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HA1 / HA3 / 17 kD hemagglutinin component
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum B (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Amatsu, S. / Sugawara, Y. / Matsumura, T. / Fujinaga, Y. / Kitadokoro, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Clostridium botulinum Whole Hemagglutinin Reveals a Huge Triskelion-shaped Molecular Complex
著者: Amatsu, S. / Sugawara, Y. / Matsumura, T. / Kitadokoro, K. / Fujinaga, Y.
履歴
登録2013年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations
改定 1.22013年11月27日Group: Derived calculations
改定 1.32013年12月25日Group: Database references
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: HA3
E: HA3
C: 17 kD hemagglutinin component
A: HA1
B: HA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,4245
ポリマ－162,4245
非ポリマー00
水90150
1
D: HA3
E: HA3
C: 17 kD hemagglutinin component
A: HA1
B: HA1

D: HA3
E: HA3
C: 17 kD hemagglutinin component
A: HA1
B: HA1

D: HA3
E: HA3
C: 17 kD hemagglutinin component
A: HA1
B: HA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)487,27115
ポリマ－487,27115
非ポリマー00
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-y+2,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-x+y,-x+2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)324.726, 324.726, 117.588
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 HA3


分子量: 22295.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-294 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum B (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha3 / プラスミド: pET52b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q33CP8
#2: タンパク質 HA3


分子量: 48761.977 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum B (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha3 / プラスミド: pET52b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q33CP8
#3: タンパク質 17 kD hemagglutinin component / HA2


分子量: 19248.541 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-188 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum B (ボツリヌス菌)
遺伝子: hem17/B, ha2 / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45841
#4: タンパク質 HA1


分子量: 36059.090 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 196-626 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum B (ボツリヌス菌)
遺伝子: ha1 / プラスミド: pET52b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q33CP6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.25M ammonium chloride, 3%(w/v) polyethylene glycol 4000, 3% trehalose, 3%(w/v) benzamidine HCl, 3%(w/v) methylpentanediol, 3%(w/v) ethylene glycol, 0.1M calcium chloride, 0.1M Tris-HCl , pH ...詳細: 0.25M ammonium chloride, 3%(w/v) polyethylene glycol 4000, 3% trehalose, 3%(w/v) benzamidine HCl, 3%(w/v) methylpentanediol, 3%(w/v) ethylene glycol, 0.1M calcium chloride, 0.1M Tris-HCl , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 45595 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 83.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Num. unique all: 4478 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E4M

2e4m


解像度: 3.5→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 41.489 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.112 / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2512 2323 5.1 %RANDOM
Rwork0.19992 ---
obs0.2025 43265 98.25 %-
all-45595 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 113.213 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.03 Å2-0 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10472 0 0 50 10522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0210687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.93814544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.894322753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.04151294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.85525.564550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.361151781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2061538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1978.425191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1978.425190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.31112.6316480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.3112.6316481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3428.8055494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3428.8055495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.62413.0378065
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.26568.43212772
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.26368.43212772
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 165 -
Rwork0.306 3140 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.04110.3747-0.73342.0019-0.18860.2020.1411-0.15630.1767-0.1137-0.102-0.374-0.06860.0477-0.03910.10760.00930.0520.0797-0.02020.107411.6691399.1961116.7801
22.1288-1.645-0.09851.60680.09650.03450.05410.11430.14660.0097-0.0008-0.18250.02830.0459-0.05330.13090.1067-0.06460.1491-0.08670.083942.1105357.4383115.6159
33.8863-1.2061.2593.78130.62991.50540.12850.3661-0.3101-0.4646-0.18680.32460.0095-0.03110.05820.27090.1014-0.13410.3483-0.26240.214669.6486316.2478112.9515
40.8199-0.1624-0.09013.7808-0.25952.3062-0.0962-0.2861-0.06370.43930.0988-0.6230.49010.2466-0.00260.33770.1648-0.20.3203-0.25820.477390.893280.3671134.3869
51.3160.57360.96670.79321.50884.41960.0468-0.1323-0.25770.3088-0.0678-0.0540.4781-0.24770.0210.24720.0605-0.07640.1172-0.11220.243578.1963308.6031160.3693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D22 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2E208 - 626
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4A9 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5B9 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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