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万見
- PDB-3wh1: Crystal Structure of a Family GH19 Chitinase from Bryum coronatum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wh1
タイトルCrystal Structure of a Family GH19 Chitinase from Bryum coronatum in complex with (GlcNAc)4 at 1.0 A resolution
要素Chitinase A
キーワードHYDROLASE / Chitinase / Carbohydrate
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bryum coronatum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Numata, T. / Umemoto, N. / Ohnuma, T. / Fukamizo, T.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of a "loopless" GH19 chitinase in complex with chitin tetrasaccharide spanning the catalytic center.
著者: Ohnuma, T. / Umemoto, N. / Nagata, T. / Shinya, S. / Numata, T. / Taira, T. / Fukamizo, T.
履歴
登録2013年8月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8186
ポリマ－22,7391
非ポリマー1,0795
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.384, 58.375, 48.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chitinase A


分子量: 22738.990 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-228 / 変異: E61A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bryum coronatum (植物) / 遺伝子: bcchiA / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9ZSX9, chitinase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 830.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.09M Tris-HCl(pH 8.5), 1.35M di-Ammonium hydrogen phosphate, 0.001M CoCl2, 0.01M Sodium acetate(pH 4.6), 0.1M 1,6-Hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromater, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→50 Å / Num. obs: 98800 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 33.25
反射 シェル解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 4.13 / Num. unique all: 30901 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4IJ4

4ij4


解像度: 1→44.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.473 / SU ML: 0.012 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15506 4942 5 %RANDOM
Rwork0.14751 ---
obs0.14789 93726 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20.03 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→44.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1575 0 73 242 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.9742307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1275201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.86124.63482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.31415228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.406158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211324
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6551.51004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11821605
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5083689
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.334.5702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.67931693
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free2.3453242
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.30331648
LS精密化 シェル解像度: 0.999→1.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 327 -
Rwork0.177 6398 -
obs--90.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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