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- PDB-3wfz: Crystal structure of Galacto-N-Biose/Lacto-N-Biose I Phosphorylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wfz
タイトルCrystal structure of Galacto-N-Biose/Lacto-N-Biose I Phosphorylase C236Y Mutant
要素Lacto-N-biose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / beta-alpha-barrel / TIM barrel / phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,3-beta-galactosyl-N-acetylhexosamine phosphorylase / 1,3-beta-galactosyl-N-acetylhexosamine phosphorylase activity / 1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Lacto-N-biose phosphorylase/D-galactosyl-beta-1->4-L-rhamnose phosphorylase / Lacto-N-biose phosphorylase-like, N-terminal TIM barrel domain / Lacto-N-biose phosphorylase, C-terminal domain / Lacto-N-biose phosphorylase, central domain / Lacto-N-biose phosphorylase N-terminal TIM barrel domain / Lacto-N-biose phosphorylase central domain / Lacto-N-biose phosphorylase C-terminal domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II ...Lacto-N-biose phosphorylase/D-galactosyl-beta-1->4-L-rhamnose phosphorylase / Lacto-N-biose phosphorylase-like, N-terminal TIM barrel domain / Lacto-N-biose phosphorylase, C-terminal domain / Lacto-N-biose phosphorylase, central domain / Lacto-N-biose phosphorylase N-terminal TIM barrel domain / Lacto-N-biose phosphorylase central domain / Lacto-N-biose phosphorylase C-terminal domain / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / 1,3-beta-galactosyl-N-acetylhexosamine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Koyama, Y. / Hidaka, M. / Kawakami, M. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2013
タイトル: Directed evolution to enhance thermostability of galacto-N-biose/lacto-N-biose I phosphorylase.
著者: Koyama, Y. / Hidaka, M. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年8月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lacto-N-biose phosphorylase
B: Lacto-N-biose phosphorylase
C: Lacto-N-biose phosphorylase
D: Lacto-N-biose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,0618
ポリマ－342,1764
非ポリマー8854
水16,214900
1
A: Lacto-N-biose phosphorylase
B: Lacto-N-biose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,5314
ポリマ－171,0882
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area51710 Å2
手法PISA
2
C: Lacto-N-biose phosphorylase
D: Lacto-N-biose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,5314
ポリマ－171,0882
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area51880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.617, 112.996, 118.934
Angle α, β, γ (deg.)105.48, 90.88, 106.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Lacto-N-biose phosphorylase / Galacto-N-biose/lacto-N-biose I phosphorylase


分子量: 85544.094 Da / 分子数: 4 / 変異: C236Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
株: JCM1217 / 遺伝子: BLLJ_1623, lnpA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: E8MF13, 1,3-beta-galactosyl-N-acetylhexosamine phosphorylase
#2: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 900 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Na cacodyrate, Mg(NO3)2, PEG 4000, GlcNAc, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月10日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 100835 / Num. obs: 97558 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 4960 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2zuu

2zuu


解像度: 2.6→36.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 10.927 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 4869 5 %RANDOM
Rwork0.17931 ---
obs0.18279 92682 96.58 %-
all-100835 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.014 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.38 Å20.11 Å2-2.15 Å2
2---0.39 Å2-1.83 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23590 0 60 900 24550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01924324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.93633133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.824350543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.27552953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48823.7581240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.989153676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8615164
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.23494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02127995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7732.96511836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7712.96511835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8374.4414781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8374.4414782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6783.09612488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6783.09612488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7464.58618353
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.43623.74829202
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.40923.77229005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 350 -
Rwork0.255 6824 -
obs--96.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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