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- PDB-3wew: Crystal structure of HtdX (Rv0241c) of Mycobacterium tuberculosis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wew
タイトルCrystal structure of HtdX (Rv0241c) of Mycobacterium tuberculosis at 2.4 A resolution
要素HtdX dehydratase
キーワードLYASE / hotdog fold / dehydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / fatty acid synthase complex / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxyacyl-thioester dehydratase X
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Biswas, R. / Dutta, D. / Das, A.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative dehydratase HtdX of Mycobacterium tuberculosis
著者: Biswas, R. / Dutta, D. / Das, A.K.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HtdX dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1852
ポリマ－28,1601
非ポリマー241
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.504, 61.504, 143.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

21A-469-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HtdX dehydratase


分子量: 28160.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-280 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0242c, RVBD_0241c / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: O53664
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3M NaCl, 0.1M HEPES pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.552 Å / Num. all: 11816 / Num. obs: 11816 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.2 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.3-2.4314.90.6971.10.697199.6
2.43-2.57150.4521.70.452199.8
2.57-2.7515.10.3072.50.3071100
2.75-2.9715.20.2053.70.2051100
2.97-3.2515.30.1246.20.1241100
3.25-3.6415.30.0710.80.071100
3.64-4.215.40.04915.20.0491100
4.2-5.1515.40.03222.40.0321100
5.15-7.2815.40.03719.60.0371100
7.28-19.486150.022290.022195.1

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→19.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.925 / SU ML: 0.177 / SU R Cruickshank DPI: 0.2673 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23037 500 4.8 %RANDOM
Rwork0.16476 ---
obs0.16795 9922 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2--1.23 Å2-0 Å2
3----2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 1 78 1836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191805
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.9442477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83533944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4865231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.99122.22272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.48215245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6761513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 28 -
Rwork0.242 754 -
obs--99.24 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.9987 Å / Origin y: 19.5036 Å / Origin z: -0.3801 Å
111213212223313233
T0.027 Å2-0.01 Å20.006 Å2-0.0335 Å2-0.011 Å2--0.0411 Å2
L0.2002 °2-0.1972 °20.0443 °2-0.4163 °2-0.0622 °2--0.869 °2
S0.0161 Å °0.0177 Å °0.0503 Å °0.0196 Å °-0.012 Å °-0.0013 Å °0.0081 Å °0.0452 Å °-0.0041 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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