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- PDB-3wcu: The structure of a deoxygenated 400 kda hemoglobin provides a mor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wcu
タイトルThe structure of a deoxygenated 400 kda hemoglobin provides a more accurate description of the cooperative mechanism of giant hemoglobins: Deoxygenated form
要素
  • A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
  • A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
  • B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
  • B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / globin fold / oxygen binding / blood
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin ...Casein alpha/beta, conserved site / Caseins alpha/beta signature. / Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Extracellular globin / Extracellular globin / Extracellular globin / Extracellular globin
類似検索 - 構成要素
生物種Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Numoto, N. / Nakagawa, T. / Ohara, R. / Hasegawa, T. / Kita, A. / Yoshida, T. / Maruyama, T. / Imai, K. / Fukumori, Y. / Miki, K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The structure of a deoxygenated 400 kDa haemoglobin reveals ternary- and quaternary-structural changes of giant haemoglobins
著者: Numoto, N. / Nakagawa, T. / Ohara, R. / Hasegawa, T. / Kita, A. / Yoshida, T. / Maruyama, T. / Imai, K. / Fukumori, Y. / Miki, K.
履歴
登録2013年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
B: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
C: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
D: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
E: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
F: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
G: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
H: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,26420
ポリマ－130,1388
非ポリマー7,12612
水00
1
A: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
B: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
C: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
D: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
E: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
F: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
G: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
H: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
ヘテロ分子

A: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
B: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
C: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
D: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
E: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
F: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
G: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
H: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
ヘテロ分子

A: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
B: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
C: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
D: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
E: A1 globin chain of giant V2 hemoglobin
F: A2 globin chain of giant V2 hemoglobin
G: B2 globin chain of giant V2 hemoglobin
H: B1 globin chain of giant V2 hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,79160
ポリマ－390,41324
非ポリマー21,37836
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area98420 Å2
ΔGint-748 kcal/mol
Surface area125830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.872, 108.872, 195.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 A1 globin chain of giant V2 hemoglobin


分子量: 16368.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 組織: blood / 参照: UniProt: S0BBU7
#2: タンパク質 A2 globin chain of giant V2 hemoglobin


分子量: 15951.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 組織: blood / 参照: UniProt: S0BBR6
#3: タンパク質 B2 globin chain of giant V2 hemoglobin


分子量: 16519.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 組織: blood / 参照: UniProt: S0BCU7
#4: タンパク質 B1 globin chain of giant V2 hemoglobin


分子量: 16228.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lamellibrachia satsuma (無脊椎動物) / 組織: blood / 参照: UniProt: S0BAP9

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糖 , 1種, 2分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-2-3/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 10分子

#6: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13-18% PEG 3350, 0-5mM Ca acetate/Mg acetate, 100mM HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月6日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 28054 / Num. obs: 28054 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 95.4 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2864 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3WCT

3wct


解像度: 2.9→42.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2559595 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The model was constructed only one copy of each of the four subunits and refined by applying strict NCS constraints (i.e., the chains A, B, C, and D are identical to ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. The model was constructed only one copy of each of the four subunits and refined by applying strict NCS constraints (i.e., the chains A, B, C, and D are identical to the chains E, F, G, and H, respectively).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 1436 5.1 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 27985 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.1643 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 239.09 Å2 / Biso mean: 70.7541 Å2 / Biso min: 10.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.25 Å20 Å20 Å2
2---5.25 Å20 Å2
3---10.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.8 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9138 0 488 0 9626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 166 5.8 %
Rwork0.359 2682 -
all-2848 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2hem_o2.paramhem_o2.top
X-RAY DIFFRACTION3ca.paamrca.top
X-RAY DIFFRACTION4carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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