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- PDB-3w6r: Crystal structure of the GAP domain of human MgcRacGAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w6r
タイトルCrystal structure of the GAP domain of human MgcRacGAP
要素Rac GTPase-activating protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPase activating
機能・相同性
機能・相同性情報


centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / mitotic spindle midzone assembly / sulfate transmembrane transport / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Flemming body / Kinesins / regulation of small GTPase mediated signal transduction ...centralspindlin complex / actomyosin contractile ring assembly / mitotic spindle midzone assembly / sulfate transmembrane transport / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / gamma-tubulin binding / RHOD GTPase cycle / Flemming body / Kinesins / regulation of small GTPase mediated signal transduction / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHOB GTPase cycle / beta-tubulin binding / RHOC GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / cleavage furrow / mitotic cytokinesis / regulation of embryonic development / CDC42 GTPase cycle / neuroblast proliferation / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / alpha-tubulin binding / Rho protein signal transduction / RAC3 GTPase cycle / spindle midzone / monoatomic ion transport / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / GTPase activator activity / acrosomal vesicle / erythrocyte differentiation / spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / mitotic spindle / midbody / microtubule binding / protein-macromolecule adaptor activity / spermatogenesis / microtubule / protein kinase binding / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A / Rho GTPase activation protein / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rac GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Matsuura, A. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of GTPase-activating domain from human MgcRacGAP.
著者: Matsuura, A. / Lee, H.H.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rac GTPase-activating protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7891
ポリマ－22,7891
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.466, 63.159, 74.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Rac GTPase-activating protein 1 / Male germ cell RacGap / MgcRacGAP / Protein CYK4 homolg / CYK4 / HsCYK-4


分子量: 22788.615 Da / 分子数: 1 / 断片: Rho-GAP domain, UNP RESIDUES 348-546 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RACGAP1, KIAA1478, MGCRACGAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0H5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 100mM sodium cacodylate buffer, 13% polyethylene glycol 6000, 25% glycerol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源波長: 0.97928 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 15787 / Num. obs: 15787 / % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 51.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible obs: 98.3 % / Rmerge F obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OVJ

2ovj


解像度: 1.9→25.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 3.941 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25873 784 5 %RANDOM
Rwork0.22158 ---
obs0.22346 14962 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1584 0 0 133 1717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191613
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9852186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4195199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95724.34869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82215300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3521511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 56 -
Rwork0.255 968 -
obs--97.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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