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- PDB-3w6q: Crystal structure of melB apo-protyrosinase from Asperugillus oryzae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w6q
タイトルCrystal structure of melB apo-protyrosinase from Asperugillus oryzae
要素tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Four helix bundle / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosinase / tyrosinase activity / melanin biosynthetic process / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin; Chain: A, domain 2 - #20 / Domain of Unknown Function (DUF1907) / Hemocyanin; Chain: A, domain 2 / Domain of unknown function DUF1907 / DUF1907 / Tyosinase, C-terminal / Tyrosinase C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. ...Hemocyanin; Chain: A, domain 2 - #20 / Domain of Unknown Function (DUF1907) / Hemocyanin; Chain: A, domain 2 / Domain of unknown function DUF1907 / DUF1907 / Tyosinase, C-terminal / Tyrosinase C-terminal domain / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Fujieda, N. / Yabuta, S. / Ikeda, T. / Oyama, T. / Muraki, N. / Kurisu, G. / Itoh, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of copper-depleted and copper-bound fungal pro-tyrosinase: insights into endogenous cysteine-dependent copper incorporation.
著者: Fujieda, N. / Yabuta, S. / Ikeda, T. / Oyama, T. / Muraki, N. / Kurisu, G. / Itoh, S.
履歴
登録2013年2月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tyrosinase
B: tyrosinase
C: tyrosinase
D: tyrosinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,4584
ポリマ－285,4584
非ポリマー00
水32,7871820
1
A: tyrosinase
B: tyrosinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7292
ポリマ－142,7292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area41520 Å2
手法PISA
2
C: tyrosinase
D: tyrosinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,7292
ポリマ－142,7292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area41370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.968, 108.752, 231.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
tyrosinase


分子量: 71364.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: melB / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2UP46*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% PEG 3350, 50mM potassium Chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 175066 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 20.23 Å2
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / % possible all: 84.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(AutoSol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(AutoSol)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.052→39.107 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8937 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1829 8543 5 %
Rwork0.1439 --
obs0.1458 170928 97.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.61 Å2 / Biso mean: 25.6086 Å2 / Biso min: 2.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.052→39.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18313 0 0 1820 20133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719108
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00426017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0566989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0521-2.07540.2111960.1472407274
2.0754-2.09980.19932570.1477486987
2.0998-2.12540.19272500.1514503291
2.1254-2.15230.21312350.1466521694
2.1523-2.18070.21112940.1467537596
2.1807-2.21050.19762790.1379543599
2.2105-2.24210.22532570.13515572100
2.2421-2.27560.18723200.13185559100
2.2756-2.31110.17932880.13465518100
2.3111-2.3490.18362950.13555541100
2.349-2.38950.19733000.13775562100
2.3895-2.4330.18732830.13855474100
2.433-2.47970.20172940.14425633100
2.4797-2.53040.21582850.1445501100
2.5304-2.58540.19292840.14855613100
2.5854-2.64550.19762750.1455499100
2.6455-2.71160.20842860.14845624100
2.7116-2.78490.19823190.14835483100
2.7849-2.86690.17773150.14775555100
2.8669-2.95940.20533020.15315530100
2.9594-3.06510.18512950.14685545100
3.0651-3.18780.18853130.14845558100
3.1878-3.33280.18923020.15455557100
3.3328-3.50840.18132980.14885578100
3.5084-3.7280.17783060.14915519100
3.728-4.01560.16242990.1349551299
4.0156-4.41920.14982690.1282547197
4.4192-5.05750.13842440.1258536395
5.0575-6.36750.17213000.1422548797
6.3675-39.11360.17033030.1705513291
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31470.02280.1541.20650.17751.0092-0.04040.0738-0.151-0.16920.049-0.02130.04670.08050.01270.1024-0.00510.02620.113-0.01880.107226.32390.315769.2612
21.7869-0.6451-0.96781.5347-1.24333.3571-0.0681-0.235-0.0050.15450.12440.0074-0.1550.0363-0.03930.0617-0.0341-0.02360.1155-0.02250.1126.419810.54883.374
31.1047-0.2341-0.08380.92250.17330.6585-0.0251-0.1326-0.11190.04330.02590.04730.03240.00560.00250.0772-0.01410.01110.12340.02090.110615.35432.139685.8317
41.3060.19080.40.6950.21152.00420.0354-0.0977-0.37610.04870.0832-0.24870.24960.277-0.06320.1350.0530.00120.16790.0340.263533.2008-10.811583.1652
51.0621-0.06350.3581.4063-0.00621.9062-0.0396-0.4131-0.28450.22520.07440.10810.1414-0.0432-0.02450.18940.00370.03970.32730.12620.183212.627-6.7898104.6416
60.8946-0.030.04311.21290.13251.0074-0.0597-0.03380.232-0.07430.0185-0.062-0.14970.00480.03690.10030.0064-0.01330.0928-0.00570.1471-1.153136.779971.4461
71.0156-0.52660.31451.24030.54873.5294-0.0001-0.07340.0069-0.08080.02990.0920.2-0.2902-0.03470.061-0.05610.0010.12030.00020.1475-7.813922.699672.4081
80.8195-0.18070.20440.895-0.06220.6745-0.0452-0.17160.14390.10980.0297-0.0635-0.0618-0.03870.00170.1032-0.0048-0.01560.162-0.05050.13594.284330.477688.8423
90.96530.2267-0.36251.5184-0.64112.3993-0.008-0.17510.29730.05510.04650.1705-0.2696-0.303-0.06360.130.0651-0.03060.2202-0.08080.2572-12.277744.397383.6184
101.26340.1215-0.06341.67720.18522.0113-0.0807-0.44310.22230.26370.0868-0.0197-0.0107-0.0878-0.01930.21740.0328-0.02050.3828-0.12710.15922.026833.5489108.1939
110.8420.13010.05021.66250.0450.9388-0.04620.0204-0.14390.09530.0004-0.06220.1376-0.01010.04110.1302-0.01510.01540.09120.01150.12691.216939.661640.3994
121.94120.6816-2.2961.5781-1.05518.35590.05660.01740.05160.1890.01910.2278-0.2277-0.1365-0.10040.11170.0113-0.00960.0703-0.02620.1686-7.103550.422937.4936
132.9594-0.4635-1.00222.3193-0.18691.7053-0.0441-0.207-0.12450.15140.0696-0.21210.06210.1165-0.04750.1526-0.0324-0.0440.0992-0.01020.140611.841150.553941.002
141.05120.4631-0.03081.3170.01420.6093-0.10130.1915-0.0608-0.29950.0941-0.05810.0741-0.03180.0010.1964-0.01570.03190.1499-0.03230.11377.420745.969520.1542
150.70420.3113-0.19121.2172-0.15091.7053-0.06440.1185-0.1294-0.23270.08330.19690.2245-0.2214-0.00020.1937-0.0621-0.00290.1777-0.05680.1985-6.86233.314523.4593
161.3020.17990.08451.51370.34961.5383-0.15430.3598-0.1589-0.51020.183-0.1697-0.03270.0042-0.03940.407-0.06720.08070.299-0.08080.157910.250742.93334.8939
171.26110.0924-0.02981.88090.37790.97830.0655-0.12750.12120.2972-0.0767-0.0760.03570.00840.01490.1616-0.0343-0.01880.11320.00080.128927.214277.084446.0171
181.73730.1540.75041.8951-1.33433.24840.04760.0245-0.13350.1903-0.0911-0.4110.07760.27010.0650.12660.0258-0.03450.09870.0370.22434.228766.353339.0142
191.0560.18810.14671.48530.11120.87420.07610.08180.0817-0.0741-0.0870.0158-0.031-0.01040.0130.1060.02170.0040.10280.01740.110720.029674.131429.2258
201.42930.1551-0.09671.16350.17691.72620.141-0.0190.344-0.048-0.0155-0.3449-0.210.2591-0.02630.1513-0.04390.02860.1320.06360.313536.882687.534534.5295
211.7267-0.0482-0.31041.7570.10851.77320.0240.37650.2514-0.4432-0.07460.0473-0.158-0.03070.02120.31360.07280.01050.28610.11750.169119.554383.509210.3325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -3:140 )A-3 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 141:178 )A141 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 179:385 )A179 - 385
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 386:462 )A386 - 462
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 463:616 )A463 - 616
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 1:125 )B1 - 125
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 126:185 )B126 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 186:385 )B186 - 385
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 386:462 )B386 - 462
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 463:616 )B463 - 616
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 1:125 )C1 - 125
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 126:166 )C126 - 166
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resseq 167:229 )C167 - 229
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resseq 230:385 )C230 - 385
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resseq 386:474 )C386 - 474
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resseq 475:616 )C475 - 616
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resseq -3:125 )D-3 - 125
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resseq 126:173 )D126 - 173
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 174:385 )D174 - 385
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 386:462 )D386 - 462
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 463:616 )D463 - 616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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