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- PDB-3w5u: Cross-linked complex between Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w5u
タイトルCross-linked complex between Ferredoxin and Ferredoxin-NADP+ reductase
要素
  • Ferredoxin
  • Ferredoxin-1, chloroplastic
キーワードELECTRON TRANSPORT / electron transfer complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid membrane protein complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / ferredoxin-NADP+ reductase / NADPH dehydrogenase activity / ferredoxin-NADP+ reductase activity / chloroplast stroma / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / electron transport chain ...chloroplast thylakoid membrane protein complex / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, heme protein as acceptor / ferredoxin-NADP+ reductase / NADPH dehydrogenase activity / ferredoxin-NADP+ reductase activity / chloroplast stroma / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / Ferredoxin--NADP reductase / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Translation factors / Beta-grasp domain superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin-1, chloroplastic / Ferredoxin--NADP reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kimata-Ariga, Y. / Kubota-Kawai, H. / Muraki, N. / Hase, T. / Kurisu, G.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Concentration-dependent oligomerization of cross-linked complexes between ferredoxin and ferredoxin-NADP(+) reductase
著者: Kimata-Ariga, Y. / Kubota-Kawai, H. / Lee, Y.-H. / Muraki, N. / Ikegami, T. / Kurisu, G. / Hase, T.
履歴
登録2013年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin
B: Ferredoxin-1, chloroplastic
C: Ferredoxin
D: Ferredoxin-1, chloroplastic
E: Ferredoxin
F: Ferredoxin-1, chloroplastic
G: Ferredoxin
H: Ferredoxin-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,32116
ポリマ－183,4768
非ポリマー3,8458
水59433
1
A: Ferredoxin
B: Ferredoxin-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8304
ポリマ－45,8692
非ポリマー9612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ferredoxin
D: Ferredoxin-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8304
ポリマ－45,8692
非ポリマー9612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Ferredoxin
F: Ferredoxin-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8304
ポリマ－45,8692
非ポリマー9612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Ferredoxin
H: Ferredoxin-1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8304
ポリマ－45,8692
非ポリマー9612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.202, 153.634, 100.107
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.846914, 0.021869, 0.53128), (0.03133, -0.995366, 0.090915), (0.530806, 0.093642, 0.842304)-16.26394, -40.77868, 7.00941
3given(-0.970948, -0.015696, 0.238776), (-0.038315, 0.99517, -0.090384), (-0.236204, -0.096906, -0.966859)-8.32216, -0.36227, 56.51237
4given(0.687998, 0.005772, -0.72569), (0.009042, -0.999959, 0.000619), (-0.725656, -0.006987, -0.688022)21.36376, -35.41263, 49.19134

-
要素

#1: タンパク質
Ferredoxin / Ferredoxin--NADP reductase / leaf isozyme / FerredoxinFerredoxin--NADP reductase / leaf isozyme / ...Ferredoxin--NADP reductase / leaf isozyme / FerredoxinFerredoxin--NADP reductase / leaf isozyme / Uncharacterized protein


分子量: 35334.477 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 42-355 / 変異: E19C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: L-FNRI, ZEAMMB73_343560 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SLP6
#2: タンパク質
Ferredoxin-1, chloroplastic / Ferredoxin I / Fd I


分子量: 10534.435 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 53-150 / 変異: S59C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: FDX1, PFD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27787
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 6000, 50mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→150 Å / Num. obs: 48206

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GAW, 3B2F

1gaw

3b2f


解像度: 2.7→45.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / SU B: 13.835 / SU ML: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27975 2394 5 %RANDOM
Rwork0.22631 ---
obs0.22902 45176 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.921 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.66 Å2-0 Å2-1.26 Å2
2---3.1 Å2-0 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12224 0 228 33 12485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212732
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.98817247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.73251549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.16625.282568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.973152210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9271548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0219564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 171 -
Rwork0.268 3110 -
obs--93.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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