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- PDB-3w5k: Crystal structure of Snail1 and importin beta complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w5k
タイトルCrystal structure of Snail1 and importin beta complex
要素
  • Importin subunit beta-1
  • Zinc finger protein SNAI1
キーワードNUCLEAR PROTEIN/METAL BINDING PROTEIN / Importin Beta / nuclear transport factor Snail1 / transcription repressor / NUCLEAR PROTEIN-METAL BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cartilage morphogenesis / left/right pattern formation / Regulation of CDH11 gene transcription / RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / mitotic chromosome movement towards spindle pole / epithelial cell migration / endoplasmic reticulum tubular network ...negative regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cartilage morphogenesis / left/right pattern formation / Regulation of CDH11 gene transcription / RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / mitotic chromosome movement towards spindle pole / epithelial cell migration / endoplasmic reticulum tubular network / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / trophoblast giant cell differentiation / importin-alpha family protein binding / heterochromatin organization / astral microtubule organization / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / establishment of mitotic spindle localization / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / Apoptosis induced DNA fragmentation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / nuclear localization sequence binding / ribosomal protein import into nucleus / Nuclear import of Rev protein / aortic valve morphogenesis / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / regulation of bicellular tight junction assembly / hair follicle morphogenesis / mitotic metaphase chromosome alignment / E-box binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / roof of mouth development / mesoderm formation / mitotic spindle assembly / epithelial to mesenchymal transition / canonical Wnt signaling pathway / nuclear pore / pericentric heterochromatin / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Notch signaling pathway / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of PTEN gene transcription / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hsp90 protein binding / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / ISG15 antiviral mechanism / small GTPase binding / kinase binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / specific granule lumen / fibrillar center / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / osteoblast differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / nuclear envelope / nuclear membrane / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / C2H2-type zinc finger / Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 ...: / C2H2-type zinc finger / Importin beta family / HEAT-like repeat / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein SNAI1 / Importin subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Choi, S. / Yamashita, E. / Yasuhara, N. / Song, J. / Son, S.Y. / Won, Y.H. / Shin, Y.S. / Sekimoto, T. / Park, I.Y. / Yoneda, Y. / Lee, S.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the selective nuclear import of the C2H2 zinc-finger protein Snail by importin beta.
著者: Choi, S. / Yamashita, E. / Yasuhara, N. / Song, J. / Son, S.Y. / Won, Y.H. / Hong, H.R. / Shin, Y.S. / Sekimoto, T. / Park, I.Y. / Yoneda, Y. / Lee, S.J.
履歴
登録2013年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit beta-1
B: Zinc finger protein SNAI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6426
ポリマ－126,3802
非ポリマー2624
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area42590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.210, 77.528, 72.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit beta-1 / Importin-90 / Karyopherin subunit beta-1 / Nuclear factor p97 / Pore targeting complex 97 kDa subunit / PTAC97


分子量: 97257.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNB1, NTF97 / プラスミド: pGEX4T-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14974
#2: タンパク質 Zinc finger protein SNAI1 / Protein snail homolog 1 / Protein sna


分子量: 29122.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAI1, SNAH / プラスミド: pGEX4T-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95863
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.29 %

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
2901
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンSPring-8 BL44XU1
シンクロトロンPAL/PLS 6C12
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 2101CCD
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→40.331 Å / Num. obs: 41574 / % possible obs: 99.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→40 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 1901 5.09 %
Rwork0.2148 --
all0.2173 41574 -
obs0.2173 37359 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7524 0 4 60 7588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0227691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21810435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2672860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611197
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051360
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.66510.30441270.26822604100
2.6651-2.73710.32861630.26592547100
2.7371-2.81760.35491360.26542542100
2.8176-2.90850.3051200.25542591100
2.9085-3.01250.33031450.24532587100
3.0125-3.1330.3021410.23562569100
3.133-3.27560.2731270.23622601100
3.2756-3.44820.28831360.22772565100
3.4482-3.66410.24171550.2032568100
3.6641-3.94670.21261450.19372565100
3.9467-4.34350.22021370.18062594100
4.3435-4.9710.26891380.1901259599
4.971-6.25920.27531300.2299261199
6.2592-40.33570.26061010.2195191972
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.1804 Å / Origin y: -14.3142 Å / Origin z: -17.6476 Å
111213212223313233
T0.3999 Å2-0.0134 Å20.0328 Å2-0.4649 Å2-0.0302 Å2--0.4395 Å2
L0.6207 °20.4449 °20.3859 °2-0.5615 °20.1394 °2--0.7091 °2
S0.0406 Å °0.1059 Å °0.1812 Å °0.0355 Å °-0.0756 Å °0.0804 Å °-0.051 Å °-0.3006 Å °0.025 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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