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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3w19 | ||||||
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タイトル | Potent HIV fusion inhibitor CP32M-2 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR (生体膜) / 6-helix-bundle / MT-hook / inhibit HIV membrane fusion / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell periphery / CD4 receptor binding / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing ...host cell periphery / CD4 receptor binding / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.278 Å | ||||||
データ登録者 | Yao, X. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Optimization of novel anti-HIV fusion inhibitor 著者: Yao, X. / Waltersperger, S. / Wang, M.T. / Cui, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3w19.cif.gz | 59.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3w19.ent.gz | 44.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3w19.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/3w19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/3w19 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3vgxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4515.291 Da / 分子数: 1 / 断片: N-peptide T21, UNP RESIDIES 552-589 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN HIV-1 VIRUS 由来: (合成) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P03375 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3825.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS SEQUENCE DOES NOT OCCUR NATURALLY IN HIV-1, BUT DESIGNED BASED ON SEQUENCE OF HIV-1 GP41 CHR AND ITS PARENTAL PEPTIDE CP32M |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 16%(w/v) PEG 4000, 10%(w/v) isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.82656 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: Bartels Monochromator Crystal Type Si (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.82656 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.278→36.144 Å / Num. all: 21170 / Num. obs: 21170 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 27.92 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.35 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / Num. unique all: 3334 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 3VGX 解像度: 1.278→36.14 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 14.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.505 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.278→36.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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