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万見
- PDB-3w0y: Crystal Structure Analysis of Vitamin D receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w0y
タイトルCrystal Structure Analysis of Vitamin D receptor
要素Vitamin D3 receptor
キーワードHORMONE RECEPTOR / Vitamin D receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity ...: / positive regulation of vitamin D 24-hydroxylase activity / response to bile acid / Vitamin D (calciferol) metabolism / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / calcitriol binding / lithocholic acid binding / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / bile acid nuclear receptor activity / phosphate ion transmembrane transport / positive regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / vitamin D receptor signaling pathway / intestinal absorption / nuclear steroid receptor activity / mammary gland branching involved in pregnancy / decidualization / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / retinoic acid receptor signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / lactation / skeletal system development / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / cell morphogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / intracellular calcium ion homeostasis / nuclear receptor activity / calcium ion transport / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Vitamin D receptor / VDR, DNA-binding domain / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DS4 / Vitamin D3 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Itoh, S. / Iijima, S.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure Analysis of Vitamin D receptor
著者: Kashiwagi, H. / Ono, Y. / Itoh, S. / Iijima, S. / Ichikawa, F. / Harada, S. / Takeda, S. / Sekiguchi, N. / Ishigai, M. / Takahashi, T.
履歴
登録2012年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin D3 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3432
ポリマ－28,7461
非ポリマー5971
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.217, 51.124, 132.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Vitamin D3 receptor / VDR / 1 / 25-dihydroxyvitamin D3 receptor / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 1


分子量: 28746.260 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 120-164, 216-423 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FUSION PROTEIN OF RESIDUES 120-164 AND RESIDUES 216-423
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VDR, NR1I1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11473
#2: 化合物 ChemComp-DS4 / [3-fluoro-2'-methyl-4'-(3-{3-methyl-4-[(1E)-4,4,4-trifluoro-3-hydroxy-3-(trifluoromethyl)but-1-en-1-yl]phenyl}pentan-3-yl)biphenyl-4-yl]acetic acid


分子量: 596.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31F7O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % / Mosaicity: 0.819 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月10日
放射モノクロメーター: Silicone / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 22329 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 2.467 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.91-1.983.60.55521112.829186.9
1.98-2.063.70.32822010.934190.7
2.06-2.153.80.32321933.119190.7
2.15-2.263.80.25222062.464190.4
2.26-2.413.80.15822011.583190.4
2.41-2.593.80.12921921.848190.1
2.59-2.853.80.1122162.031189.5
2.85-3.273.80.08122772.247191.8
3.27-4.113.80.06823063.92192
4.11-503.70.04724263.603191.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.98→33.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9495 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9355 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1021 5.07 %RANDOM
Rwork0.1745 ---
obs0.1767 20132 90.83 %-
原子変位パラメータBiso max: 98.71 Å2 / Biso mean: 29.7263 Å2 / Biso min: 12.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5086 Å20 Å20 Å2
2---0.4228 Å20 Å2
3----1.0858 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→33.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 42 281 2316
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d729SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes53HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes289HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2078HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion268SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2724SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2078HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2817HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.28
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.09 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 151 5.25 %
Rwork0.1833 2727 -
all0.1867 2878 -
obs--90.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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