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- PDB-3w0f: Crystal structure of mouse Endonuclease VIII-LIKE 3 (mNEIL3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w0f
タイトルCrystal structure of mouse Endonuclease VIII-LIKE 3 (mNEIL3)
要素Endonuclease 8-like 3
キーワードHYDROLASE / HELIX TWO TURNS HELIX / ZINC FINGER / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / single strand break repair / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / MCM complex binding / DNA N-glycosylase activity / bubble DNA binding / single strand break repair / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / interstrand cross-link repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / single-stranded DNA binding / chromosome / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Zinc finger domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Endonuclease 8-like 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, M. / Imamura, K. / Averill, A.M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Characterization of a Mouse Ortholog of Human NEIL3 with a Marked Preference for Single-Stranded DNA
著者: Liu, M. / Imamura, K. / Averill, A.M. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: The mouse ortholog of NEIL3 is a functional DNA glycosylase in vitro and in vivo
著者: Liu, M. / Bandaru, V. / Bond, J.P. / Jaruga, P. / Zhao, X. / Christov, P.P. / Burrows, C.J. / Rizzo, C.J. / Dizdaroglu, M. / Wallace, S.S.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease 8-like 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4216
ポリマ－31,8481
非ポリマー5735
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.580, 43.823, 77.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease 8-like 3 / DNA glycosylase FPG2 / DNA glycosylase/AP lyase Neil3 / Endonuclease VIII-like 3 / Nei-like protein 3


分子量: 31847.887 Da / 分子数: 1 / 断片: glycosylase domain, UNP residues 2-282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mouse, Neil3 / プラスミド: pETDuet2-T7EcoMap-ORF6-MmuNeil3 324 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star (DE3)
参照: UniProt: Q8K203, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 % / 解説: THE SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 3350, 0.15M DL-malic acid, 0.1M HEPES-NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU20011.5418
シンクロトロンAPS 23-ID-B21.2808
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2010年7月7日mirror
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2010年11月15日Si(111) Double Crystal Monochrometer
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MAR MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.28081
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 40028 / Num. obs: 37958 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 16.46
反射 シェル解像度: 2→2.09 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 1976 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SOLVE位相決定
CNS1.3精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→38.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 627378.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. BULK SOLVENT MODEL USED. 2. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED IN PHASING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 3669 9.7 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.201 40082 --
obs0.197 37958 94.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.8312 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0 Å22.8 Å2
2--4.12 Å20 Å2
3----3.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 5 169 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 373 9.9 %
Rwork0.283 4781 -
obs-3800 75.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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