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万見
- PDB-3vz3: Structural insights into substrate and cofactor selection by sp2771 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vz3
タイトルStructural insights into substrate and cofactor selection by sp2771
要素Succinate-semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / substrate selection / cofactor preference
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 4-oxobutanoic acid / Succinate-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Yuan, Z. / Yin, B. / Wei, D.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for cofactor and substrate selection by cyanobacterium succinic semialdehyde dehydrogenase
著者: Yuan, Z. / Yin, B. / Wei, D. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
B: Succinate-semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3196
ポリマ－98,6282
非ポリマー1,6914
水20,6991149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.957, 117.181, 181.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Succinate-semialdehyde dehydrogenase


分子量: 49314.203 Da / 分子数: 2 / 変異: C262A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus (バクテリア) / 株: ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6 / 遺伝子: SYNPCC7002_A2771 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1XMM6
#2: 化合物 ChemComp-SSN / 4-oxobutanoic acid / Succinic semialdehyde / こはく酸セミアルデヒド


分子量: 102.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 5000 MME, tascimate, HEPES, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 89961 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.2 % / Rsym value: 0.043
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 75.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JZ4

3jz4


解像度: 1.69→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.344 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20342 4735 5 %RANDOM
Rwork0.16564 ---
obs0.16751 89961 91.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→42.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6890 0 110 1149 8149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.9849736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6325904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43324.564298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.533151142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1251538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21104
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.23694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24950
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6791.54646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03527228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03332846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2444.52508
LS精密化 シェル解像度: 1.695→1.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 304 -
Rwork0.21 5337 -
obs--75.06 %
精密化 TLS

T33: -0.0559 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21840.0326-0.00020.4365-0.16910.44670.0032-0.02670.00680.05840.01010.015-0.0228-0.0028-0.0133-0.07250.00550.0001-0.0637-0.004533.673566.210563.112
20.23520.0213-0.01890.4361-0.10050.50350.0034-0.03110.00310.06490.00930.0191-0.00460.0037-0.0127-0.0750.0042-0.0007-0.0613-0.006833.53857.57827.957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 454
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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