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- PDB-3vz0: Structural insights into cofactor and substrate selection by Gox0499 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vz0
タイトルStructural insights into cofactor and substrate selection by Gox0499
要素Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Gox0499 / substrate selection / cofactor preference
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity
類似検索 - 分子機能
Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Succinate-semialdehyde dehydrogenase GabD1-like / : / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Yuan, Z. / Yin, B. / Wei, D.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for cofactor and substrate selection by cyanobacterium succinic semialdehyde dehydrogenase
著者: Yuan, Z. / Yin, B. / Wei, D. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
B: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
C: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
D: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,8178
ポリマ－202,1594
非ポリマー1,6584
水10,215567
1
A: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
B: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9084
ポリマ－101,0802
非ポリマー8292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33120 Å2
手法PISA
2
C: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
D: Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9084
ポリマ－101,0802
非ポリマー8292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area33080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.523, 254.602, 76.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Putative NAD-dependent aldehyde dehydrogenase / Redox


分子量: 50539.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconobacter oxydans (バクテリア)
株: 621H / 遺伝子: GOX0499 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5FTL8
#2: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 500, CaCl2, Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.96
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.961
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 77510 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.097
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→48.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 13.827 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 4086 5 %RANDOM
Rwork0.18655 ---
obs0.18943 77510 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.36 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----1.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13992 0 112 567 14671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02214372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.96219436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.23451820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.88424.125640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.134152388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.15615100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.26753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.29769
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.59343
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.182214496
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08435684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1134.54940
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 326 -
Rwork0.199 5559 -
obs--98.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44450.04780.13410.99730.33290.43-0.01730.02610.0228-0.03780.026-0.03910.05390.0296-0.0087-0.1270.0019-0.006-0.13410.0078-0.135380.953533.743777.7227
20.43490.25480.11690.4855-0.16191.0824-0.0407-0.0470.03670.0507-0.0198-0.0519-0.06190.10580.0604-0.12260.0176-0.0111-0.0620.0102-0.107187.56749.486444.7349
31.12760.1876-0.58970.7126-0.12211.2858-0.11040.022-0.139-0.07280.03240.09250.1688-0.02690.0779-0.0684-0.0053-0.0037-0.0656-0.0003-0.1133120.707814.929237.9391
40.17550.0654-0.0210.9693-0.06910.3850.01490.02650.0340.010.0183-0.0341-0.00210.0336-0.0333-0.12260.01240.0142-0.11520.0028-0.1121128.655529.894670.8765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 456
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 456
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 456
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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