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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vyg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Thiocyanate hydrolase mutant R136W | ||||||
要素 | (Thiocyanate hydrolase subunit ...) x 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Thiocyanate hydrolase / Cysteine-sulfenic acid / Cysteine-sulfic acid / metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiocyanate hydrolase / thiocyanate hydrolase activity / thiocyanate catabolic process / transition metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thiobacillus thioparus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | ||||||
データ登録者 | Yamanaka, Y. / Sato, M. / Arakawa, T. / Namima, S. / Hori, S. / Ohtaki, A. / Noguchi, K. / Katayama, Y. / Yohda, M. / Odaka, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Effects of argnine residue around the substrate pocket on the substrate specificity of thiocyanate hydrolase 著者: Yamanaka, Y. / Sato, M. / Arakawa, T. / Namima, S. / Hori, S. / Ohtaki, A. / Noguchi, K. / Katayama, Y. / Yohda, M. / Odaka, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vyg.cif.gz | 427.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vyg.ent.gz | 346.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vyg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vyg_validation.pdf.gz | 527.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vyg_full_validation.pdf.gz | 565.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vyg_validation.xml.gz | 87.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vyg_validation.cif.gz | 127.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/3vyg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Thiocyanate hydrolase subunit ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL
#1: タンパク質 | 分子量: 14507.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア) 遺伝子: scnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66187, thiocyanate hydrolase #2: タンパク質 | 分子量: 18065.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア) 遺伝子: scnB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66186, thiocyanate hydrolase #3: タンパク質 | 分子量: 27648.445 Da / 分子数: 4 / Mutation: R136W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア) 遺伝子: scnC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66188, thiocyanate hydrolase |
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-非ポリマー , 3種, 1508分子
#4: 化合物 | ChemComp-3CO / #5: 化合物 | ChemComp-TLA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1M potassium phosphate pH 6.8, 1.4M potassium phosphate tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. all: 343322 / Num. obs: 325674 / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2DD5 解像度: 1.72→33.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 1.626 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.084 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→33.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.721→1.766 Å / Total num. of bins used: 20
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