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- PDB-3vwr: Crystal structure of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase S112A/G181D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vwr
タイトルCrystal structure of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase S112A/G181D/R187G/H266N/D370Y mutant complexd with 6-aminohexanoate
要素6-aminohexanoate-dimer hydrolase
キーワードHYDROLASE / NYLON DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


6-aminohexanoate-oligomer exohydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase activity / nylon catabolic process
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #710 / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #710 / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINOHEXANOIC ACID / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase / 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kawashima, Y. / Shibata, N. / Negoro, S. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural, kinetic and theoretical analyses of hydrolase mutants altering in the directionality and equilibrium point of reversible amide-synthetic/hydrolytic reaction
著者: Negoro, S. / Kawashima, Y. / Shibata, N. / Shigeta, Y. / Kobayashi, T. / Nishiguchi, H. / Matsui, T. / Baba, T. / Lee, Y. / Kamiya, K. / Kato, D. / Takeo, M. / Higuchi, Y.
履歴
登録2012年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,88410
ポリマ－42,8051
非ポリマー1,0789
水6,882382
1
A: 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
ヘテロ分子

A: 6-aminohexanoate-dimer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,76720
ポリマ－85,6112
非ポリマー2,15618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area10220 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area27820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.360, 96.360, 112.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-741-

HOH

21A-1064-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 6-aminohexanoate-dimer hydrolase / Nylon oligomers-degrading enzyme EII / Nylon oligomers-degrading enzyme EII'


分子量: 42805.434 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A, G181D, R187G, H266N, D370Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FUSION PROTEIN OF RESIDUES 1-21 FROM NYLON OLIGOMERS-DEGRADING ENZYME EII (UNP P07061) AND RESIDUES 22-392 FROM NYLON OLIGOMERS-DEGRADING ENZYME EII' (UNP Q59710)
由来: (組換発現) Flavobacterium (バクテリア) / 株: K172, KI723T1 / 遺伝子: nylB, nylB' / プラスミド: PKP1500 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): KP3998
参照: UniProt: P07061, UniProt: Q59710, UniProt: P07062*PLUS, 6-aminohexanoate-oligomer exohydrolase

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非ポリマー , 5種, 391分子

#2: 化合物 ChemComp-ACA / 6-AMINOHEXANOIC ACID / AMINOCAPROIC ACID / 6-アミノヘキサン酸


タイプ: peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.19 % / Mosaicity: 0.3 °
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2.2M AMMONIUM SULFATE, 0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M MES, pH 6.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年8月26日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30.38 Å / Num. obs: 80141 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.82 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 21.8 / Scaling rejects: 2923
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.6-1.652.960.2344.32183273420.866591.9
1.65-1.724.660.26.43750080010.86210100
1.72-1.84.910.15183949979830.8332999.9
1.8-1.894.940.1110.84005480350.8432599.9
1.89-2.015.010.0813.74041780280.7923299.9
2.01-2.175.030.05917.44079280430.7730199.9
2.17-2.385.080.04621.84118780650.75223100
2.38-2.735.160.035284211481000.75332100
2.73-3.445.190.02538.84274781660.73341100
3.44-30.385.120.01855.84343083780.7756599.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータ削減
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータスケーリング
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.65→29.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 719327 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 7355 10.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs-72925 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.6151 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.8 Å2 / Biso mean: 21.9393 Å2 / Biso min: 6.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2957 0 68 382 3407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.711.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.712.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 695 9.7 %
Rwork0.257 6502 -
all-7197 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4mes.paramsub.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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