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万見
- PDB-3vv9: Crystal structure of cyanide-insensitive alternative oxidase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vv9
タイトルCrystal structure of cyanide-insensitive alternative oxidase from Trypanosoma brucei
要素Alternative oxidase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / HELIX DOUBLE / MEMBRANE BOUND DIIRON PROTEIN / ALTERNATIVE OXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative oxidase activity / alternative respiration / 酸化還元酵素 / : / ferric iron binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Alternative oxidase / Alternative oxidase / Alternative oxidase superfamily / Alternative oxidase / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROXIDE ION / Alternative oxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Shiba, T. / Kido, Y. / Sakamoto, K. / Inaoka, D.K. / Tsuge, C. / Tatsumi, R. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Aoki, T. / Honma, T. ...Shiba, T. / Kido, Y. / Sakamoto, K. / Inaoka, D.K. / Tsuge, C. / Tatsumi, R. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Aoki, T. / Honma, T. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Matsuoka, S. / Saimoto, H. / Moore, A.L. / Harada, S. / Kita, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure of the trypanosome cyanide-insensitive alternative oxidase
著者: Shiba, T. / Kido, Y. / Sakamoto, K. / Inaoka, D.K. / Tsuge, C. / Tatsumi, R. / Takahashi, G. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Aoki, T. / Honma, T. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Matsuoka, S. / ...著者: Shiba, T. / Kido, Y. / Sakamoto, K. / Inaoka, D.K. / Tsuge, C. / Tatsumi, R. / Takahashi, G. / Balogun, E.O. / Nara, T. / Aoki, T. / Honma, T. / Tanaka, A. / Inoue, M. / Matsuoka, S. / Saimoto, H. / Moore, A.L. / Harada, S. / Kita, K.
履歴
登録2012年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alternative oxidase, mitochondrial
B: Alternative oxidase, mitochondrial
C: Alternative oxidase, mitochondrial
D: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,08816
ポリマ－150,5734
非ポリマー51512
水55831
1
A: Alternative oxidase, mitochondrial
B: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5448
ポリマ－75,2872
非ポリマー2576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
2
C: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子

C: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5448
ポリマ－75,2872
非ポリマー2576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8700 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
3
D: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子

D: Alternative oxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5448
ポリマ－75,2872
非ポリマー2576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area24510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.312, 63.120, 136.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Alternative oxidase, mitochondrial


分子量: 37643.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: AOX / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): FN102 / 参照: UniProt: Q26710
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 30% PEG 400, 0.1M IMIDAZOLE, 0.5M POTASSIUM FORMATE, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月29日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.524
11H+4/2L, -K, -L20.476
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 45480 / Num. obs: 39632 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 47.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SPACEデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→45.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.655 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24743 1928 4.9 %RANDOM
Rwork0.19234 ---
obs0.19501 37533 87.61 %-
all-39632 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.9 Å2-0 Å2-88.85 Å2
2--17.33 Å2-0 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→45.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8675 0 12 31 8718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198873
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.95312051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9751063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53722.155413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.766151546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8351596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3331.55406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60928843
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60833575
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0374.53355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.846→2.919 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 83 -
Rwork0.375 1445 -
obs--47.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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