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万見
- PDB-3vuv: Crystal structure of the merozoite surface protein MSPDBL2 from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vuv
タイトルCrystal structure of the merozoite surface protein MSPDBL2 from P. falciparum bound to zinc
要素Erythrocyte membrane protein, putative
キーワードCELL ADHESION / Duffy Binding-Like domain / Erythrocyte Binding / Merozoite Surface / Malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / host cell surface receptor binding / cell surface / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Merozoite surface protein-type / Merozoite surface protein (SPAM) / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Duffy binding-like merozoite surface protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.114 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Hodder, A.N. / Clarke, O.B. / Lin, C.S. / Smith, B.J. / Cowman, A.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Insights into Duffy binding-like domains through the crystal structure and function of the merozoite surface protein MSPDBL2 from Plasmodium falciparum
著者: Hodder, A.N. / Czabotar, P.E. / Uboldi, A.D. / Clarke, O.B. / Lin, C.S. / Healer, J. / Smith, B.J. / Cowman, A.F.
履歴
登録2012年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Other
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte membrane protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8225
ポリマ－39,5601
非ポリマー2624
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.690, 102.070, 38.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Erythrocyte membrane protein, putative


分子量: 39560.375 Da / 分子数: 1 / 断片: DBL domain, UNP residues 127-460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF10_0355 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJ45
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細AN ARTEFACT OF THE TEV CLEAVAGE SITE INTRODUCED INTO THE EXPRESSION VECTOR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.59 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG3350 0.2M sodium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.2718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→37.442 Å / Num. obs: 15702 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.11-2.24195.7
2.24-2.4199.9
2.4-2.59199.9
2.59-2.84199.7
2.84-3.17199.9
3.17-3.66199.7
3.66-4.48199.9
4.48-6.33199.6
6.33-20199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WAU

2wau


解像度: 2.114→37.442 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 791 5.04 %Random
Rwork0.1739 ---
obs0.177 15702 99.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.114→37.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2293 0 4 69 2366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142435
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0283261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.959938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004421
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.114-2.24670.35011250.2642243497
2.2467-2.42010.31351560.2182460100
2.4201-2.66360.2631260.19222480100
2.6636-3.04880.28861160.18532511100
3.0488-3.84060.22961230.1642501100
3.8406-37.44810.16871450.14162525100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.1204 Å / Origin y: 6.3232 Å / Origin z: -1.3605 Å
111213212223313233
T0.0783 Å20.0013 Å2-0.0189 Å2-0.086 Å2-0.0068 Å2--0.0821 Å2
L0.8152 °2-0.2619 °2-0.6262 °2-1.0239 °20.2321 °2--0.4726 °2
S0.0179 Å °0.0418 Å °0.0332 Å °-0.0021 Å °0.0124 Å °-0.0933 Å °-0.0182 Å °0.0138 Å °0.0107 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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