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万見
- PDB-3vu9: Crystal Structure of Psy3-Csm2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vu9
タイトルCrystal Structure of Psy3-Csm2 complex
要素
  • Chromosome segregation in meiosis protein 2
  • Platinum sensitivity protein 3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / recombination / meiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Shu complex / positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / recombinational repair / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / nucleus ...Shu complex / positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / recombinational repair / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Shu complex, component Psy3 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Shu complex component Csm2, DNA-binding / Shu complex component Psy3, DNA-binding description / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Platinum sensitivity protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Tawaramoto, M. / Sasanuma, H. / Hosaka, H. / Lao, J.P. / Sanda, E. / Suzuki, M. / Yamashita, E. / Hunter, N. / Shinohara, M. / Nakagawa, A. / Shinohara, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: A new protein complex promoting the assembly of Rad51 filaments
著者: Sasanuma, H. / Tawaramoto, M.S. / Lao, J.P. / Hosaka, H. / Sanda, E. / Suzuki, M. / Yamashita, E. / Hunter, N. / Shinohara, M. / Nakagawa, A. / Shinohara, A.
履歴
登録2012年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platinum sensitivity protein 3
B: Chromosome segregation in meiosis protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6744
ポリマ－53,5502
非ポリマー1242
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.560, 50.403, 76.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

21A-400-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Platinum sensitivity protein 3 / PSY3


分子量: 28566.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSY3, YLR376C, L8039.17 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12318
#2: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 2 / CSMN


分子量: 24983.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSM2, YIL132C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40465
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 7
詳細: 0.1M Tris-HCl, 30% Ethylene glycol(in case of Se-Met derivative, 25%), 5% polyethylene glycol, pH 7.0, Hanging Drop Vapor Diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC Quantum 270r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→44.5 Å / Num. all: 45389 / Num. obs: 45389 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.126 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23119 2300 5.1 %RANDOM
Rwork0.18217 ---
obs0.1847 43029 89.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0 Å2-1.8 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----1.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.124 Å0.121 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3318 0 8 267 3593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0193449
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.281.9794663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9785412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78324.506162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.14715650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.3831521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0212547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9882.4831645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1493.6912052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8542.8371804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 105 -
Rwork0.351 1734 -
obs--49.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7164-0.6630.21951.1466-0.14663.27810.0109-0.2688-0.19620.00780.05720.31620.0186-0.4181-0.06820.0351-0.01530.02590.20.02410.17240.0476-5.35643.8041
21.56570.36550.22330.7195-0.78633.60330.04980.2123-0.0318-0.1807-0.09620.06890.11030.07950.04640.11480.0717-0.050.0739-0.04070.071543.4786-2.190712.3317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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