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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vtk | ||||||
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タイトル | THYMIDINE KINASE FROM HERPES SIMPLEX VIRUS TYPE 1 IN COMPLEX WITH ADP AND 5-IODO-DEOXYURIDINE-MONOPHOSPHATE | ||||||
![]() | THYMIDINE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / KEY ENZYME IN THYMIDINE SALVAGE PATHWAY / ADDITIONAL THYMIDYLATE KINASE ACTIVITY / TARGET FOR ANTI-HERPES VIRAL DRUGS | ||||||
機能・相同性 | ![]() TMP biosynthetic process / thymidine kinase / thymidine kinase activity / DNA biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wild, K. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structures of thymidine kinase from herpes simplex virus type 1 in complex with substrates and a substrate analogue. 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: The Three-Dimensional Structure of Thymidine Kinase from Herpes Simplex Virus Type 1 著者: Wild, K. / Bohner, T. / Aubry, A. / Folkers, G. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: A Fast Method for Obtaining Highly Pure Recombinant Herpes Simplex Virus Type 1 Thymidine Kinase 著者: Fetzer, J. / Michael, M. / Bohner, T. / Hofbauer, R. / Folkers, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37205.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: F / プラスミド: PGEX2T / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03176, UniProt: P0DTH5*PLUS, thymidine kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-5IU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wild, K., (1995) FEBS Lett., 368, 289. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年2月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→100 Å / Num. obs: 8723 / % possible obs: 77.1 % / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 49.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 21343 / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 49.8 % / Rmerge(I) obs: 0.244 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT 詳細: ISOTROPIC THERMAL FACTORS WERE NOT REFINED AND CORRESPOND TO THE STRUCTURE WITH ADP AND DEOXYTHYMIDINE-MONOPHOSPHATE, PDB ENTRY 1VTK.
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å / Luzzati d res low obs: 4.8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.56 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.42 |