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- PDB-3vth: Crystal structure of full-length HypF in the phosphate- and nucle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vth
タイトルCrystal structure of full-length HypF in the phosphate- and nucleotide-bound form
要素Hydrogenase maturation factor
キーワードTRANSFERASE / carbamoyltransfer / maturation of [NiFe]-hydrogenase / carbamoylphosphate / iron / HypE
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-S結合を形成 / acylphosphatase activity / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ligase activity / protein maturation / double-stranded RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DHBP synthase - #50 / DHBP synthase - #30 / Translation Initiation Factor IF3 - #120 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #360 / Carbamoyltransferase, HypF-type / Zinc finger, HypF-type / HypF, Kae1-like domain / : / HypF finger / HypF Kae1-like domain ...DHBP synthase - #50 / DHBP synthase - #30 / Translation Initiation Factor IF3 - #120 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #360 / Carbamoyltransferase, HypF-type / Zinc finger, HypF-type / HypF, Kae1-like domain / : / HypF finger / HypF Kae1-like domain / Carbamoyltransferase, Kae1-like Domain, second subdomain / : / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / DHBP synthase / Acylphosphatase-like domain superfamily / Translation Initiation Factor IF3 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / PHOSPHATE ION / Carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shomura, Y. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the reaction mechanism of S-carbamoylation of HypE by HypF in the maturation of [NiFe]-hydrogenases
著者: Shomura, Y. / Higuchi, Y.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase maturation factor
B: Hydrogenase maturation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,89423
ポリマ－173,7362
非ポリマー3,15821
水9,134507
1
A: Hydrogenase maturation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,66814
ポリマ－86,8681
非ポリマー1,80013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hydrogenase maturation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2269
ポリマ－86,8681
非ポリマー1,3588
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.983, 232.983, 65.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hydrogenase maturation factor


分子量: 86867.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: HypF, TTE0131 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8RDB0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの

-
非ポリマー , 8種, 528分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-AP2 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / α,β-メチレンADP


分子量: 425.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O9P2
#7: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M imidazole, 1.8M Na/K phosphate, 0.2M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 135176 / Num. obs: 135176 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6623 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.191 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23758 6631 5 %RANDOM
Rwork0.20935 ---
obs0.21076 126835 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.815 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0.47 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11094 0 176 507 11777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.98615542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68551387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96623.901546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.925152085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5361581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5241.56886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.021211117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74734639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9184.54421
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 463 -
Rwork0.257 9031 -
obs--94.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1339-0.58222.15411.7404-0.66683.3458-0.1513-0.1240.13170.27090.0658-0.303-0.11340.24450.08550.1521-0.0033-0.09470.0892-0.0110.0699109.777-17.8727.587
20.92460.02360.35432.0098-0.19492.06960.0873-0.1179-0.23670.1222-0.0242-0.11040.3446-0.0525-0.0630.151-0.0359-0.05660.0580.0260.077294.655-29.51614.44
31.37420.8045-0.28891.9085-0.46861.272-0.04420.1366-0.0933-0.28820.08150.03030.262-0.1816-0.03720.1506-0.0366-0.04070.0542-0.00570.013288.291-22.546-7.81
40.6098-0.1742-0.00151.5954-0.48711.8478-0.01560.05020.0156-0.05250.0102-0.1114-0.129-0.16080.00540.07340.0194-0.00520.0389-0.00280.003192.316.437-10.995
53.8592-0.0559-1.99540.68820.4333.1626-0.1826-0.0284-0.85270.5368-0.29140.79450.262-0.8920.4740.7394-0.16570.74870.8012-0.23912.196129.77514.3224.953
62.50660.6301-0.47162.6951-0.00632.74150.0591-0.8159-0.20761.093-0.27310.70880.2446-0.31730.21390.669-0.02280.40740.49050.01120.546348.48224.68616.321
71.6656-0.2410.14422.24660.26520.7483-0.012-0.0534-0.1470.4618-0.00520.2270.0347-0.08990.01720.24630.08040.03790.0741-0.00440.090769.61728.926-2.336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 102
2X-RAY DIFFRACTION1A803
3X-RAY DIFFRACTION2A103 - 190
4X-RAY DIFFRACTION2A801 - 802
5X-RAY DIFFRACTION3A191 - 388
6X-RAY DIFFRACTION3A804 - 805
7X-RAY DIFFRACTION4A389 - 755
8X-RAY DIFFRACTION4A806 - 807
9X-RAY DIFFRACTION5B103 - 185
10X-RAY DIFFRACTION5B802
11X-RAY DIFFRACTION6B204 - 388
12X-RAY DIFFRACTION6B804 - 805
13X-RAY DIFFRACTION7B389 - 755
14X-RAY DIFFRACTION7B806 - 807

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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