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- PDB-3vt0: Crystal structure of Ct1,3Gal43A in complex with lactose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vt0
タイトルCrystal structure of Ct1,3Gal43A in complex with lactose
要素Ricin B lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / GH43 / CBM13 / galactan hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolase domain; family 43 ...Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Ricin B lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.913 Å
データ登録者Jiang, D. / Fan, J. / Wang, X. / Zhao, Y. / Huang, B. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of 1,3Gal43A, an exo-beta-1,3-galactanase from Clostridium thermocellum
著者: Jiang, D. / Fan, J. / Wang, X. / Zhao, Y. / Huang, B. / Liu, J. / Zhang, X.C.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin B lectin
B: Ricin B lectin
C: Ricin B lectin
D: Ricin B lectin
E: Ricin B lectin
F: Ricin B lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,05015
ポリマ－351,7206
非ポリマー2,3309
水00
1
A: Ricin B lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0543
ポリマ－58,6201
非ポリマー4342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ricin B lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9622
ポリマ－58,6201
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ricin B lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0543
ポリマ－58,6201
非ポリマー4342
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ricin B lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6201
ポリマ－58,6201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Ricin B lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9622
ポリマ－58,6201
非ポリマー3421
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Ricin B lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3974
ポリマ－58,6201
非ポリマー7773
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.694, 122.376, 404.656
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Ricin B lectin


分子量: 58619.980 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 31-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0661 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3DD67
#2: 多糖
beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.55 % / Mosaicity: 0.435 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100mM sodium acetate, 2.9-3.3M sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 117324 / Num. obs: 117324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.101 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-37.20.703115570.9741100
3-3.127.20.498115951.0571100
3.12-3.277.20.365115781.2031100
3.27-3.447.20.261116531.2251100
3.44-3.657.20.2116071.1851100
3.65-3.947.20.16116701.0261100
3.94-4.337.30.14117301.1211100
4.33-4.967.20.127117441.1121100
4.96-6.247.20.108118701.1531100
6.24-507.10.06123200.9541100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.913→49.287 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7925 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2685 2115 1.8 %RANDOM
Rwork0.2528 ---
obs0.2531 117178 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.141 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 154.94 Å2 / Biso mean: 76.8921 Å2 / Biso min: 19.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.747 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.2561 Å20 Å2
3----15.491 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.913→49.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22127 0 156 0 22283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00222876
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46331040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0333203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0013975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4958092
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9134-2.98120.37321420.38437104724694
2.9812-3.05570.3841350.363375927727100
3.0557-3.13830.34471400.347776307770100
3.1383-3.23070.3691400.335676047744100
3.2307-3.33490.35181410.310176247765100
3.3349-3.45410.29971380.294976407778100
3.4541-3.59240.311380.282776757813100
3.5924-3.75580.27441380.262176307768100
3.7558-3.95370.23621390.249376927831100
3.9537-4.20130.21561440.224676637807100
4.2013-4.52550.22191420.209677437885100
4.5255-4.98050.20431410.198377097850100
4.9805-5.70030.27331400.23177887928100
5.7003-7.17820.27441460.236778608006100
7.1782-49.29380.24551510.229881098260100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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