PDB-3vsf: Crystal structure of 1,3Gal43A, an exo-beta-1,3-Galactanase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vsf

タイトル

Crystal structure of 1,3Gal43A, an exo-beta-1,3-Galactanase from Clostridium thermocellum

要素

Ricin B lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / GH43 CBM13 / exo-beta-1 / 3-Galactanase

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.757 Å

データ登録者

Jiang, D. / Fan, J. / Wang, X. / Zhao, Y. / Huang, B. / Zhang, X.C.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of 1,3Gal43A, an exo-beta-1,3-galactanase from Clostridium thermocellum
著者: Jiang, D. / Fan, J. / Wang, X. / Zhao, Y. / Huang, B. / Liu, J. / Zhang, X.C.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vsf.cif.gz	542.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vsf.ent.gz	446.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vsf_validation.pdf.gz	531.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vsf_full_validation.pdf.gz	588.4 KB	表示
XML形式データ	3vsf_validation.xml.gz	96.4 KB	表示
CIF形式データ	3vsf_validation.cif.gz	125.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vs/3vsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vszC 3vt0C 3vt1C 3vt2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vt1-5 3vt0-2 3vsz-1 3vt0-6 3vt0-1 3vsz-6 3vt1-6 3vt0-5 3vt0-4 3vt2-6 3vsz-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ricin B lectin

B: Ricin B lectin

C: Ricin B lectin

D: Ricin B lectin

E: Ricin B lectin

F: Ricin B lectin

ヘテロ分子

353 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ricin B lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ricin B lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Ricin B lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Ricin B lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Ricin B lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Ricin B lectin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.603, 122.509, 405.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ricin B lectin 分子量: 58619.980 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 31-520 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 株: ATCC 27405 / 遺伝子: Cthe_0661 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A3DD67
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.63 % / Mosaicity: 0.141 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 2.9M sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-17A	2	0.97865, 0.97935

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2011年7月11日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2011年12月17日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97865	1
3	0.97935	1

Reflection

冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 21.56 / 数: 666032 / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 1.2 / D res high: 3.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 89662 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.89	50	99.7	1	0.076	1.105	7
5.47	6.89	99.6	1	0.102	1.455	7.4
4.78	5.47	99.5	1	0.097	1.37	7.5
4.34	4.78	99.5	1	0.101	1.359	7.6
4.03	4.34	99.4	1	0.118	1.345	7.6
3.79	4.03	99.2	1	0.139	1.295	7.5
3.6	3.79	99.2	1	0.164	1.168	7.5
3.45	3.6	99.3	1	0.214	1.082	7.4
3.31	3.45	99.3	1	0.269	0.965	7.4
3.2	3.31	99.2	1	0.353	0.868	7.4

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 146526 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.152 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	5.7	0.522	14598	1.097	1,2	100
2.8-2.91	5.8	0.348	14691	1.136	1,2	100
2.91-3.04	5.8	0.223	14559	1.153	1,2	100
3.04-3.2	5.8	0.157	14670	1.183	1,2	99.9
3.2-3.4	5.8	0.106	14674	1.247	1,2	99.9
3.4-3.66	5.7	0.083	14659	1.039	1,2	99.8
3.66-4.03	5.7	0.066	14696	0.982	1,2	99.4
4.03-4.62	5.8	0.056	14687	1.02	1,2	99.1
4.62-5.81	5.7	0.053	14707	1.388	1,2	98.2
5.81-50	5.6	0.051	14585	1.279	1,2	94.5

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
2 wavelength	1	1	0.9786	4.41	-6.23
2 wavelength	1	2	0.9793	3.45	-8.39

Phasing dm

FOM : 0.72 / FOM acentric: 0.72 / FOM centric: 0.69 / 反射: 111196 / Reflection acentric: 102245 / Reflection centric: 8951

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.3-8.5	0.84	0.85	0.75	15130	13378	1752
4.2-5.3	0.85	0.86	0.77	18750	17145	1605
3.7-4.2	0.8	0.8	0.72	18757	17396	1361
3.2-3.7	0.67	0.67	0.61	33306	31194	2112
3-3.2	0.46	0.46	0.41	20138	19083	1055

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.15	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.757→37.548 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7968 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.05 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	2468	1.81 %
R_work	0.2362	-	-
obs	0.2366	136168	98.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.744 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 147.06 Å² / B_iso mean: 68.5776 Å² / B_iso min: 28.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.2218 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.3698 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-17.5917 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.757→37.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22127	0	84	22	22233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	22787
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.488	30885
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	3143
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3975
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.773	8114

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7575-2.8105	0.3085	126	0.3383	6807	6933	91
2.8105-2.8679	0.3902	153	0.3484	7434	7587	100
2.8679-2.9302	0.3588	127	0.3392	7471	7598	100
2.9302-2.9983	0.3495	147	0.3248	7501	7648	100
2.9983-3.0733	0.3358	138	0.3154	7491	7629	100
3.0733-3.1563	0.2971	137	0.3014	7451	7588	100
3.1563-3.2492	0.3164	135	0.2934	7489	7624	100
3.2492-3.354	0.3239	140	0.2742	7471	7611	100
3.354-3.4738	0.27	135	0.2674	7502	7637	99
3.4738-3.6127	0.2867	138	0.2575	7489	7627	99
3.6127-3.777	0.2738	133	0.2407	7440	7573	99
3.777-3.9759	0.2458	137	0.2309	7513	7650	99
3.9759-4.2247	0.2072	142	0.21	7435	7577	99
4.2247-4.5504	0.2382	136	0.1946	7421	7557	98
4.5504-5.0074	0.2005	136	0.1906	7383	7519	97
5.0074-5.7298	0.2483	137	0.2032	7489	7626	98
5.7298-7.2105	0.221	137	0.2103	7555	7692	97
7.2105-37.5519	0.2171	134	0.2037	7358	7492	92

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