PDB-3vqr: Structure of a dye-linked L-proline dehydrogenase mutant from the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vqr

タイトル

Structure of a dye-linked L-proline dehydrogenase mutant from the aerobic hyperthermophilic archaeon, Aeropyrum pernix

要素

Putative oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dinucleotide-binding fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Sakuraba, H. / Ohshima, T. / Satomura, T. / Yoneda, K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Novel Dye-linked L-Proline Dehydrogenase from Hyperthermophilic Archaeon Aeropyrum pernix
著者: Sakuraba, H. / Satomura, T. / Kawakami, R. / Kim, K. / Hara, Y. / Yoneda, K. / Ohshima, T.

履歴

登録	2012年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vqr.cif.gz	343.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vqr.ent.gz	281.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vqr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vqr_validation.pdf.gz	989.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vqr_full_validation.pdf.gz	1014.5 KB	表示
XML形式データ	3vqr_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	3vqr_validation.cif.gz	51.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/3vqr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/3vqr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3axbSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i0f-2 5guh-d 4i1c-2 4i0d-2 4hzt-2 1j1c-d 3wyo-d 4i11-2 5hjr-1 4yyf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative oxidoreductase

B: Putative oxidoreductase

ヘテロ分子

99.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.987, 70.570, 73.092
Angle α, β, γ (deg.)	71.650, 70.850, 70.150
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Putative oxidoreductase / L-proline dehydrogenase 分子量: 48843.207 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-427 / 変異: delta L428 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: K1 / プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9YCJ0
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, Mg acetate, Mes, pH 6.5, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日 / 詳細: Rhodium coated silicon single crystal
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→50 Å / Num. all: 52556 / Num. obs: 52556 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / % possible all: 93.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AXB

3axb

解像度: 2.01→24.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.101 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2551	2654	5 %	RANDOM
R_work	0.2103	-	-	-
all	0.2126	52556	-	-
obs	0.2126	52556	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.59 Å² / B_iso mean: 38.6857 Å² / B_iso min: 14.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.33 Å²	0.52 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-2.41 Å²	1.22 Å²
3-	-	-	-0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→24.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6550	0	130	213	6893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	6832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.023	1.993	9268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.919	5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.979	22.353	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.156	15	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.587	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.148	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5270

LS精密化シェル

解像度: 2.009→2.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	150	-
R_work	0.232	3312	-
all	-	3462	-
obs	-	-	85.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9402	0.1723	0.1011	2.8284	-1.1755	1.5173	0.0878	0.0105	0.0774	-0.0322	-0.352	-0.2996	-0.1625	0.295	0.2642	0.0501	-0.0265	-0.0236	0.1241	0.0487	0.1146	73.8154	55.7192	59.7493
2	0.4395	-0.0659	0.7998	1.519	0.1198	2.9434	-0.0438	-0.0485	0.066	0.2618	-0.1368	-0.127	-0.4039	0.2172	0.1806	0.1421	-0.1034	-0.0665	0.1464	0.0268	0.1285	77.588	58.566	80.101
3	0.0895	-0.2207	-0.5237	5.6281	1.0515	3.1313	-0.0551	0.021	-0.0318	-1.1968	-0.0681	0.539	0.3289	-0.0552	0.1233	0.4313	0.0567	-0.1553	0.1491	-0.0449	0.1309	61.5937	35.7154	42.9994
4	0.3275	0.0756	0.5283	2.0995	0.6921	2.0187	-0.01	-0.0657	0.0628	0.2746	-0.1937	0.1363	-0.2498	-0.1059	0.2037	0.132	-0.0328	-0.0048	0.102	-0.0247	0.1059	66.2639	54.73	79.0605
5	0.6195	0.0807	0.2623	3.4698	-1.6408	1.901	0.073	-0.0114	0.0088	0.091	-0.5752	-0.6253	-0.1353	0.4814	0.5022	0.0266	-0.0426	-0.0389	0.2269	0.1336	0.222	76.3283	46.9698	63.9863
6	0.9649	-0.3447	-0.1012	2.6689	-1.2129	1.9455	0.0971	-0.0285	-0.06	0.0055	-0.3412	-0.2891	0.1278	0.3204	0.2441	0.0392	0.0161	0.0242	0.1236	0.0461	0.1221	73.8402	13.9015	75.9394
7	0.5512	0.0812	-0.8467	1.3673	0.1584	2.9517	-0.04	0.0667	-0.0814	-0.2531	-0.1501	-0.1231	0.334	0.1992	0.1901	0.1231	0.1027	0.0712	0.1281	0.0317	0.1264	77.818	10.973	55.356
8	0.1345	0.8436	0.0114	6.6545	1.3622	2.9436	0.0874	-0.0257	0.0167	1.0637	-0.0823	0.3626	-0.3382	-0.0326	-0.0051	0.4633	-0.0109	0.1656	0.1727	-0.0153	0.135	61.4223	33.7341	92.4063
9	0.3395	-0.0585	-0.4857	2.1698	0.7326	1.9506	-0.0136	0.0674	-0.0512	-0.292	-0.1849	0.1211	0.2528	-0.075	0.1986	0.1387	0.0389	0.0115	0.0955	-0.0275	0.1013	66.2907	14.8935	56.6246
10	0.6627	0.0239	-0.2542	3.458	-1.3844	1.8096	0.0558	0.0157	-0.0356	-0.1011	-0.5299	-0.5977	0.1021	0.4279	0.4741	0.0143	0.038	0.0362	0.2196	0.125	0.2211	76.3424	22.659	71.7002

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	186 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	223 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	340 - 424
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 76
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	185 - 222
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	223 - 339
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	340 - 424

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)