[日本語] English
万見
- PDB-3vpy: Crystal structure of Arabidopsis DDL FHA domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vpy
タイトルCrystal structure of Arabidopsis DDL FHA domain
要素FHA domain-containing protein DDL
キーワードPROTEIN BINDING / FHA domain / DCL1 pT recognition / Arabidopsis DCL1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of developmental growth / miRNA processing / cell division / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FHA domain-containing protein DDL
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Machida, S.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana Dawdle Forkhead-Associated Domain reveals a conserved phospho-threonine recognition cleft for Dicer-like1 binding.
著者: Machida, S. / Yuan, A.Y.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FHA domain-containing protein DDL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5301
ポリマ－17,5301
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.564, 48.709, 54.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 FHA domain-containing protein DDL / Protein DAWDLE


分子量: 17530.127 Da / 分子数: 1 / 断片: DDL FHA domain, UNP RESIDUES 181-310 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DDL, At3g20550, K10D20.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8W4D8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG, HEPES, AS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→36.37 Å / Num. all: 13290 / Num. obs: 13269 / % possible obs: 99.84 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→36.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 4.1 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23107 1487 10.1 %RANDOM
Rwork0.18769 ---
obs0.19204 13269 99.84 %-
all-13290 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.617 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1162 0 0 140 1302
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9721609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4725144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.72723.55959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57915206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6911510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36921169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5623499
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0164.5440
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 118 -
Rwork0.209 937 -
obs--99.15 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.5174 Å / Origin y: 30.7025 Å / Origin z: 0.6246 Å
111213212223313233
T-0.1133 Å20.0003 Å20.0075 Å2--0.0987 Å20.01 Å2---0.0991 Å2
L0.8928 °20.0838 °20.1633 °2-1.5935 °2-0.6027 °2--1.2847 °2
S0.0303 Å °0.1233 Å °0.0002 Å °-0.1012 Å °0.0073 Å °0.0266 Å °0.0306 Å °0.0598 Å °-0.0376 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る