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- PDB-3vpt: Crystal structure of Bombyx mori sigma-class glutathione transfer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vpt
タイトルCrystal structure of Bombyx mori sigma-class glutathione transferase in apo form
要素Glutathione S-transferase sigma
キーワードTRANSFERASE / GSH Binding / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-1,2-PROPANEDIOL / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yamamoto, K. / Higashiura, A. / Suzuki, M. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of a Bombyx mori sigma-class glutathione transferase exhibiting prostaglandin E synthase activity
著者: Yamamoto, K. / Higashiura, A. / Suzuki, M. / Aritake, K. / Urade, Y. / Uodome, N. / Nakagawa, A.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,44512
ポリマ－23,3701
非ポリマー1,07511
水93752
1
A: Glutathione S-transferase sigma
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase sigma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,89024
ポリマ－46,7392
非ポリマー2,15122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)56.128, 56.128, 209.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-427-

HOH

21A-429-

HOH

31A-448-

HOH

41A-451-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase sigma


分子量: 23369.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: GST sigma / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CCJ4, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 30% (w/v) PEG 400, 20% (v/v) 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→27.1 Å / Num. obs: 22394 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル最高解像度: 1.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→27.1 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 804 4.96 %
Rwork0.2036 --
obs0.206 16203 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.874 Å2 / ksol: 0.456 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0452 Å2-0 Å20 Å2
2---0.0452 Å2-0 Å2
3---0.0903 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 66 52 1761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6612326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.681659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1240
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-2.0190.26351350.22072511100
2.019-2.17490.28121510.19492495100
2.1749-2.39360.25291300.18992542100
2.3936-2.73970.23951350.19192558100
2.7397-3.45060.21161170.17422641100
3.4506-27.11410.27061360.223265294
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0791.27940.27941.768-0.44342.5539-0.0586-0.3199-0.8060.0192-0.2457-0.09872.1447-0.09780.04850.88530.13960.1188-0.2801-0.07470.249719.6217-33.433314.3816
24.02774.61211.63446.1315-0.26416.13650.2181-0.2316-0.0744-0.3884-0.22940.01350.6701-0.3642-0.04940.44580.02530.06040.2629-0.05360.264212.6276-28.420526.0651
31.85270.2136-1.05732.7345-0.21512.84280.0941-0.1714-0.0547-0.0564-0.2517-0.070.84830.79840.11270.30960.230.00060.37220.03960.175728.397-21.683214.5609
46.250.5053-2.66761.8361-0.09084.2050.34960.11710.64-0.3121-0.10391.3218-0.5478-1.2108-0.26430.34090.1107-0.07780.5238-0.0610.65316.6055-4.969210.1777
56.7733-2.2362-4.13845.18432.11857.53630.2631-0.1865-0.038-0.6373-0.09670.3089-0.50880.1915-0.05340.24930.007-0.0570.25310.03560.267223.85-8.33050.6591
63.12652.1607-2.09893.4499-0.72076.3741-0.20460.33050.2363-0.45460.12950.27240.6854-0.14710.00780.30550.051-0.02110.22990.00050.236121.363-18.60152.0463
74.9824-2.82381.44765.8279-5.32525.82520.18470.5469-0.6247-1.86660.03090.83721.8180.3691-0.18930.610.0672-0.06220.3213-0.06440.270123.0231-22.8841-3.2765
84.1624-5.6348-3.63788.46584.82633.2064-0.85890.4384-0.92780.02520.11450.64521.2656-0.28970.80991.0442-0.07030.16410.3274-0.05510.332217.9226-33.83422.9376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:35)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 36:52)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 53:106)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 107:124)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 125:139)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 140:176)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 177:187)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 188:203)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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