PDB-3vpn: Crystal structure of human ribonucleotide reductase subunit M2 (h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vpn

タイトル

Crystal structure of human ribonucleotide reductase subunit M2 (hRRM2) mutant

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / G1/S-Specific Transcription / Transcriptional Regulation by E2F6 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Chen, X. / Xu, Z. / Liu, H. / Zhang, L. / Chen, B. / Zhu, L. / Yang, C. / Zhu, W. / Shao, J.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Essential role of E106 in the proton-coupled electron transfer in human
著者: Chen, X. / Xu, Z. / Liu, H. / Zhang, L. / Chen, B. / Zhu, L. / Yang, C. / Zhu, W. / Shao, J.

履歴

登録	2012年3月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vpn.cif.gz	133.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vpn.ent.gz	103.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vpn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vpn_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vpn_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	3vpn_validation.xml.gz	23.4 KB	表示
CIF形式データ	3vpn_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/3vpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/3vpn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vpoC 3oljS 3vpm S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uw2-1 1h0o-1 1xsm-1 3lk6-4 3olj-2 1h0n-1 3vpm-d 1w69-1 2ath-d 6cwp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (8) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (8)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2

ヘテロ分子

67.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.082, 109.082, 176.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2 / Ribonucleotide reductase small chain / Ribonucleotide reductase small subunit 分子量: 33605.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 66-350 / 変異: E106D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RR2, RRM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) 参照: UniProt: P31350, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50mM Tris-HCl, 0.1mM KCl, pH 7.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月4日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 51206 / Num. obs: 51165 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 10.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.33	9.8	0.692	1	100
2.33-2.42	9.8	0.489	1	100
2.42-2.53	9.8	0.356	1	100
2.53-2.67	9.8	0.251	1	100
2.67-2.83	9.8	0.176	1	100
2.83-3.05	9.7	0.125	1	100
3.05-3.36	9.5	0.101	1	100
3.36-3.85	9	0.073	1	100
3.85-4.85	9.2	0.05	1	100
4.85-50	9.2	0.033	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 30.71 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	9.99 Å
Translation	3 Å	9.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OLJ

3olj

解像度: 2.25→35.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.932 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.1926 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

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