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- PDB-3vpl: Crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vpl
タイトルCrystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio sp. AX-4 Beta-1,3-xylanase
要素Beta-1,3-xylanase XYL4
キーワードHYDROLASE / beta-1 / 3-xylanase / glycoside hydrolase / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,3-beta-xylanase / xylan endo-1,3-beta-xylosidase activity / substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / xylan catabolic process / polysaccharide binding / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-1,3-xylanase / Beta-1,3-xylanase, CBM31 domain superfamily / Family 31 carbohydrate binding protein / Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-dinitrophenol / Beta-1,3-xylanase XYL4
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Watanabe, N. / Sakaguchi, K.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio sp. AX-4 beta-1,3-xylanase at 1.2 A resolution
著者: Sakaguchi, K. / Goddard-Borger, E.D. / Kawamura, T. / Kiyohara, M. / Tanaka, I. / Ito, M. / Withers, S.G. / Watanabe, N.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Mechanistic insights into the 1,3-xylanases: useful enzymes for manipulation of algal biomass
著者: Goddard-Borger, E.D. / Sakaguchi, K. / Reitinger, S. / Watanabe, N. / Ito, M. / Withers, S.G.
履歴
登録2012年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-xylanase XYL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9534
ポリマ－36,9361
非ポリマー1,0173
水9,206511
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.343, 75.437, 81.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-1,3-xylanase XYL4 / Beta-1 / 3-xylanase


分子量: 36936.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio (バクテリア) / 株: AX-4 / 遺伝子: xyl4 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: D5MP61, endo-1,3-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-xylopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 416.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1b_1-5_2*F][a212h-1b_1-5]/1-2-2/a3-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O2F1>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{[(3+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 416.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a212h-1b_1-5_2*F][a212h-1b_1-5]/1-2-2/a3-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O2F1>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-DNX / 3,4-dinitrophenol


分子量: 184.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE GLU212 ATTACKS AND BREAKS THE BOND BETWEEN BXF-DNX AND A NEW BOND BETWEEN BXF(A1001)-GLU212 IS ...THE GLU212 ATTACKS AND BREAKS THE BOND BETWEEN BXF-DNX AND A NEW BOND BETWEEN BXF(A1001)-GLU212 IS FORMED, AND THE ENZYME REACTION WAS STOPPED AT A GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIATE STATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % / Mosaicity: 0.174 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M MES, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 101571 / Num. obs: 98695 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.305 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.2-1.227.20.25747491.047194.6
1.22-1.247.40.24247891.074195.1
1.24-1.277.40.22247621.09195.2
1.27-1.297.40.19748291.137195.4
1.29-1.327.40.18247891.147195.7
1.32-1.357.40.16548441.174196
1.35-1.397.40.15248281.208196.1
1.39-1.427.40.13248531.24196.7
1.42-1.467.40.11548941.279196.6
1.46-1.517.40.09848991.276196.9
1.51-1.577.40.08448841.321197.3
1.57-1.637.40.07449481.333197.5
1.63-1.77.40.06549741.348197.8
1.7-1.797.40.05749751.377198.2
1.79-1.97.30.05349991.569198.3
1.9-2.057.30.0550201.915198.8
2.05-2.267.20.04350911.867199.1
2.26-2.597.10.03351031.413199.2
2.59-3.267.10.02751831.189199.4
3.26-506.90.02452821.039197.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
KEK-PFBEAMLINE SOFTWAREデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ddx

2ddx


解像度: 1.2→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.426 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15607 4931 5 %RANDOM
Rwork0.14079 ---
obs0.14156 98433 96.9 %-
all-101571 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.28 Å2 / Biso mean: 12.5689 Å2 / Biso min: 4.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 67 511 3118
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.022879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4341.9473999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0935386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.06325146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95715415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.131513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2580.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0212307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 331 -
Rwork0.171 6375 -
obs--94.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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