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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vpl | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio sp. AX-4 Beta-1,3-xylanase | |||||||||
![]() | Beta-1,3-xylanase XYL4 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / beta-1 / 3-xylanase / glycoside hydrolase / TIM barrel | |||||||||
機能・相同性 | ![]() endo-1,3-beta-xylanase / xylan endo-1,3-beta-xylosidase activity / polysaccharide binding / xylan catabolic process / cellulose catabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Watanabe, N. / Sakaguchi, K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio sp. AX-4 beta-1,3-xylanase at 1.2 A resolution 著者: Sakaguchi, K. / Goddard-Borger, E.D. / Kawamura, T. / Kiyohara, M. / Tanaka, I. / Ito, M. / Withers, S.G. / Watanabe, N. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012 タイトル: Mechanistic insights into the 1,3-xylanases: useful enzymes for manipulation of algal biomass 著者: Goddard-Borger, E.D. / Sakaguchi, K. / Reitinger, S. / Watanabe, N. / Ito, M. / Withers, S.G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ddxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36936.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-3)-beta-D-xylopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-xylopyranose |
#3: 多糖 | beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-3)-2-deoxy-2-fluoro-beta-D-xylopyranose |
#4: 化合物 | ChemComp-DNX / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | THE GLU212 ATTACKS AND BREAKS THE BOND BETWEEN BXF-DNX AND A NEW BOND BETWEEN BXF(A1001)-GLU212 IS ...THE GLU212 ATTACKS AND BREAKS THE BOND BETWEEN BXF-DNX AND A NEW BOND BETWEEN BXF(A1001)-GLU212 IS FORMED, AND THE ENZYME REACTION WAS STOPPED AT A GLYCOSYL-ENZYME INTERMEDIA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.63 % / Mosaicity: 0.174 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M MES, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 101571 / Num. obs: 98695 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Χ2: 1.305 / Net I/σ(I): 14.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ddx 解像度: 1.2→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.426 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.28 Å2 / Biso mean: 12.5689 Å2 / Biso min: 4.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
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