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- PDB-3vn3: Fungal antifreeze protein exerts hyperactivity by constructing an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vn3
タイトルFungal antifreeze protein exerts hyperactivity by constructing an inequable beta-helix
要素Antifreeze protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / right-handed beta-helix
機能・相同性Ice-binding protein / Ice-binding-like / Ice-binding protein K3-B1
機能・相同性情報
生物種Typhula ishikariensis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Kondo, H. / Xiao, N. / Hanada, Y. / Sugimoto, H. / Hoshino, T. / Garnham, C.P. / Davies, P.L. / Tsuda, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Ice-binding site of snow mold fungus antifreeze protein deviates from structural regularity and high conservation
著者: Kondo, H. / Hanada, Y. / Sugimoto, H. / Hoshino, T. / Garnham, C.P. / Davies, P.L. / Tsuda, S.
履歴
登録2011年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antifreeze protein
B: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0509
ポリマ－44,6162
非ポリマー4347
水14,682815
1
A: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5565
ポリマ－22,3081
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Antifreeze protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4944
ポリマ－22,3081
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.890, 41.630, 70.250
Angle α, β, γ (deg.)81.53, 83.13, 62.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Antifreeze protein


分子量: 22307.771 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-243 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Typhula ishikariensis (菌類) / 株: BRB-1 / 参照: UniProt: Q76CE6
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1M Bis-Tris, 1.0M ammonium sulfate, 0.1M sodium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→34.41 Å / Num. obs: 232289 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 0.95→1 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 32714 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.95→34.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 0.373 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12948 11700 5 %RANDOM
Rwork0.11214 ---
obs0.11302 220586 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å2-0.1 Å2-0.01 Å2
2---0.17 Å20.25 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 28 815 3971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9784538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7215477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76625.12282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.33315482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.036156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4851.52235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21723623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.83831066
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8294.5898
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.41633301
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.0333815
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.37233239
LS精密化 シェル解像度: 0.95→0.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 811 -
Rwork0.165 15561 -
obs-15561 90.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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