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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vml | ||||||
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タイトル | Chimera 3-isopropylmalate dehydrogenase between Shewanella oneidensis MR-1 (O) and Shewanella benthica DB21 MT-2 (M) from N-terminal: 20% O middle 70% M residual 10% O | ||||||
![]() | 3-isopropylmalate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DECARBOXYLATING DEHYDROGENASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nagae, T. / Watanabe, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure analysis of chimeric 3-isopropylmalate dehydrogenase between the obligate piezophile Shewanella benthica DB21MT-2 and the nonpiezophile Shewanella oneidensis MR-1 著者: Hamajima, Y. / Nagae, T. / Watanabe, N. / Kato, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 444.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1a05S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40725.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: chimera protein of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella oneidensis MR-1 (UNP Q8E9N3 residues 2-68), 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella benthica DB21 MT-2 (UNP D2YZL2 ...詳細: chimera protein of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella oneidensis MR-1 (UNP Q8E9N3 residues 2-68), 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella benthica DB21 MT-2 (UNP D2YZL2 residues 69-328), and 3-isopropylmalate dehydrogenase from Shewanella oneidensis MR-1 (UNP Q8E9N3 residues 329-364) 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MR-1, DB21 MT-2, MR-1 / 遺伝子: leuB, SO_4235 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8E9N3, UniProt: D2YZL2, 3-isopropylmalate dehydrogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-IPM / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, sodium chloride, HEPES, pH 7.5, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 56022 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1A05 解像度: 1.56→33.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.446 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.924 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→33.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.56→1.601 Å / Total num. of bins used: 20
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