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万見
- PDB-3vmg: Reduced carbazole-bound complex between oxygenase and ferredoxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vmg
タイトルReduced carbazole-bound complex between oxygenase and ferredoxin in carbazole 1,9a-dioxygenase
要素
  • Ferredoxin component of carbazole
  • Terminal oxygenase component of carbazole
キーワードOXIDOREDUCTASE / Catalytic mechanism / Electron transfer complex / Rieske nonheme iron oxygenase system / Terminal oxygenase / Rieske-type ferredoxin / carbazole 1 / 9a-dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbazole catabolic process / ferredoxin hydrogenase activity / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #680 / Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / : / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / 3-layer Sandwich ...N-terminal domain of TfIIb - #680 / Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / : / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / 3-layer Sandwich / N-terminal domain of TfIIb / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Single Sheet / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
9H-CARBAZOLE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Terminal oxygenase component of carbazole / Ferredoxin CarAc
類似検索 - 構成要素
生物種Janthinobacterium (バクテリア)
Pseudomonas resinovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ashikawa, Y. / Nojiri, H.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the substrate- and dioxygenbinding manner in the catalytic cycle of rieske nonheme iron oxygenase system, carbazole 1,9adioxygenase
著者: Ashikawa, Y. / Fujimoto, Z. / Usami, Y. / Inoue, K. / Noguchi, H. / Yamane, H. / Nojiri, H.
履歴
登録2011年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal oxygenase component of carbazole
B: Terminal oxygenase component of carbazole
C: Terminal oxygenase component of carbazole
D: Ferredoxin component of carbazole
E: Ferredoxin component of carbazole
F: Ferredoxin component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,63317
ポリマ－172,0766
非ポリマー1,55711
水19,3301073
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17240 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area55880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.156, 89.840, 105.207
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Terminal oxygenase component of carbazole


分子量: 44910.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Janthinobacterium (バクテリア) / 株: J3 / 遺伝子: carAa / プラスミド: pEJ3AaC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84II6, EC: 1.14.12.22
#2: タンパク質 Ferredoxin component of carbazole / Ferredoxin component of carbazole 1 / 9a-dioxygenase


分子量: 12448.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas resinovorans (バクテリア)
株: CA10 / 遺伝子: carAc / プラスミド: pECAC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GI16, EC: 1.14.12.22

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非ポリマー , 4種, 1084分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-9CA / 9H-CARBAZOLE / カルバゾ-ル


分子量: 167.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9N
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1073 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M ammonium acetate, 12.5% PEG 3350, 0.05M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月7日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 128789 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.338 / Num. unique all: 12781 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DE7

2de7


解像度: 1.95→40.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2602815.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 6426 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 128658 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.5833 Å2 / ksol: 0.348442 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å2-0.1 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11738 0 53 1073 12864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1026 4.8 %
Rwork0.233 20211 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3cis_peptide_AaAc_z42_1.param
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION5CAR_PRODRG.paramCAR_PRODRG.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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