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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vld | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast proteasome interacting protein | ||||||
要素 | DNA mismatch repair protein HSM3 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / HEAT REPEAT / RPT1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome regulatory particle assembly / mismatch repair / protein folding chaperone / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Takagi, K. / Kim, S. / Kato, K. / Tanaka, K. / Saeki, Y. / Mizushima, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Structural basis for specific recognition of Rpt1, an ATPase subunit of the 26S proteasome, by a proteasome-dedicated chaperone Hsm3 著者: Takagi, K. / Kim, S. / Yukii, H. / Ueno, M. / Morishita, R. / Endo, Y. / Kato, K. / Tanaka, K. / Saeki, Y. / Mizushima, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vld.cif.gz | 201.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vld.ent.gz | 168 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vld_validation.pdf.gz | 441.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vld_full_validation.pdf.gz | 460.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vld_validation.xml.gz | 39.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vld_validation.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/3vld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/3vld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58241.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HSM3, YBR1740, YBR272C / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P38348 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 8% PEG 3000, 0.2M potassium phosphate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.97916, 0.979475, 0.96424 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.05→76.47 Å / Num. obs: 66549 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 22 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→51.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.064 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.007 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→51.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.049→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
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