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- PDB-3vkh: X-ray structure of a functional full-length dynein motor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vkh
タイトルX-ray structure of a functional full-length dynein motor domain
要素Dynein heavy chain, cytoplasmic
キーワードMOTOR PROTEIN / AAA+ protein / molecular motor / microtubles
機能・相同性
機能・相同性情報


minus-end-directed vesicle transport along microtubule / early phagosome membrane / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy / CTPase activity / phagolysosome membrane / Neutrophil degranulation / phagosome maturation / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding ...minus-end-directed vesicle transport along microtubule / early phagosome membrane / COPI-mediated anterograde transport / Aggrephagy / CTPase activity / phagolysosome membrane / Neutrophil degranulation / phagosome maturation / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / nuclear migration / ATPase complex / endocytic vesicle / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / tubulin binding / mitotic spindle organization / cell cortex / microtubule binding / microtubule / centrosome / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2620 / Helix Hairpins - #2610 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1220 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #280 / Dynein motor C sequence, barrel region / Helix Hairpins - #1060 / Dynein motor, AAA2 domain, small subdomain / Dynein motor, AAA1 domain, small subdomain / Dynein motor heavy chain, linker domain, subdomain 4 / Histone Acetyltransferase; Chain A - #30 ...Helix Hairpins - #2620 / Helix Hairpins - #2610 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1220 / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #280 / Dynein motor C sequence, barrel region / Helix Hairpins - #1060 / Dynein motor, AAA2 domain, small subdomain / Dynein motor, AAA1 domain, small subdomain / Dynein motor heavy chain, linker domain, subdomain 4 / Histone Acetyltransferase; Chain A - #30 / Dynein motor heavy chain, linker domain, subdomain 3 / Region D6 of dynein motor / Histone Acetyltransferase; Chain A - #20 / Dynein motor heavy chain, linker domain, N-terminal subdomain / Split barrel-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Cyclin A; domain 1 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histone Acetyltransferase; Chain A / Special / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Barrel / Roll / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Dynein heavy chain, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Kon, T. / Oyama, T. / Shimo-Kon, R. / Suto, K. / Kurisu, G.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The 2.8 A crystal structure of the dynein motor domain
著者: Kon, T. / Oyama, T. / Shimo-Kon, R. / Imamula, K. / Shima, T. / Sutoh, K. / Kurisu, G.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: X-ray structure of a functional full-length dynein motor domain.
著者: Kon, T. / Sutoh, K. / Kurisu, G.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2012年9月26日ID: 3AY1
改定 1.12012年9月26日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein heavy chain, cytoplasmic
B: Dynein heavy chain, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)772,08010
ポリマ－768,6632
非ポリマー3,4188
水00
1
A: Dynein heavy chain, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,0405
ポリマ－384,3311
非ポリマー1,7094
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dynein heavy chain, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,0405
ポリマ－384,3311
非ポリマー1,7094
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)195.726, 228.955, 201.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dynein heavy chain, cytoplasmic / Dynein heavy chain / cytosolic / DYHC


分子量: 384331.344 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1388-4730 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: DDB_G0276355, dhcA / プラスミド: PHSG3MB38HFG380
発現宿主: Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
参照: UniProt: P34036
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.0-6.0% PEG 8000, 10MM SPERMINE-HCL, 3MM ADP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月25日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: SI 111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→150 Å / Num. obs: 88890 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 31.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VKG

3vkg


解像度: 3.8→48.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 9102566.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 4441 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 88530 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 85.7688 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 138.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.91 Å20 Å20 Å2
2---7 Å20 Å2
3----6.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45758 0 216 0 45974
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.55
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it16.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it25.562
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it23.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it31.772.5
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 721 5 %
Rwork0.281 13570 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6ADP.paramADP_top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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