[日本語] English
万見
- PDB-3vkc: Crystal structure of MoeO5 soaked with pyrophosphate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vkc
タイトルCrystal structure of MoeO5 soaked with pyrophosphate
要素MoeO5
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TIM barrel (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FMN-linked oxidoreductases / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase/Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase superfamily / PcrB family / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FPQ / PYROPHOSPHATE 2- / MoeO5
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Ren, F. / Ko, T.-P. / Huang, C.-H. / Guo, R.-T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Insights into the mechanism of the antibiotic-synthesizing enzyme MoeO5 from crystal structures of different complexes
著者: Ren, F. / Ko, T.-P. / Feng, X. / Huang, C.-H. / Chan, H.-C. / Hu, Y. / Wang, K. / Ma, Y. / Liang, P.-H. / Wang, A.H.-J. / Oldfield, E. / Guo, R.-T.
履歴
登録2011年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MoeO5
B: MoeO5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1746
ポリマ－62,1932
非ポリマー9814
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.735, 59.721, 59.062
Angle α, β, γ (deg.)66.70, 71.15, 65.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 MoeO5 / 2-cis / trans-farnesyl-3-phosphoglycerate synthase


分子量: 31096.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
株: ATCC 14672 / 遺伝子: moeO5 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A011
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FPQ / (2R)-3-(phosphonooxy)-2-{[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trien-1-yl]oxy}propanoic acid


分子量: 390.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H31O7P
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- / ピロリン酸塩


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Na-malonate, 10mM MgCl2, 100mM Na-pyrophosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→25 Å / Num. all: 61957 / Num. obs: 59540 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 5880 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 3VK5

3vk5


解像度: 1.66→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1856 2988 -random
Rwork0.161 ---
all0.1633 62099 --
obs0.1633 59066 95.1 %-
溶媒の処理Bsol: 46.7531 Å2
原子変位パラメータBiso max: 49.29 Å2 / Biso mean: 15.1544 Å2 / Biso min: 5.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.222 Å20.241 Å20.521 Å2
2--0.825 Å20.75 Å2
3----1.047 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 62 432 4426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0872
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0312.5
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 287 -
Rwork0.1836 --
obs-5627 90.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ligand.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る