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- PDB-3vjj: Crystal Structure Analysis of the P9-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vjj
タイトルCrystal Structure Analysis of the P9-1
要素P9-1
キーワードVIRAL PROTEIN / Viroplasm
機能・相同性Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / P9-1 protein
機能・相同性情報
生物種Rice black streaked dwarf virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Akita, F. / Higashiura, A. / Suzuki, M. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A. / Omura, T.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis reveals octamerization of viroplasm matrix protein P9-1 of Rice black streaked dwarf virus
著者: Akita, F. / Higashiura, A. / Shimizu, T. / Pu, Y. / Suzuki, M. / Uehara-Ichiki, T. / Sasaya, T. / Kanamaru, S. / Arisaka, F. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A. / Omura, T.
履歴
登録2011年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P9-1
B: P9-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8882
ポリマ－84,8882
非ポリマー00
水00
1
A: P9-1
B: P9-1

A: P9-1
B: P9-1

A: P9-1
B: P9-1

A: P9-1
B: P9-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,5528
ポリマ－339,5528
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
Buried area25840 Å2
ΔGint-155 kcal/mol
Surface area107370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.284, 127.284, 143.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULYSLYSchain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...AA26 - 4126 - 41
12THRTHRLEULEUchain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...AA63 - 12663 - 126
13GLUGLULEULEUchain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...AA164 - 194164 - 194
14LEULEUVALVALchain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...AA202 - 262202 - 262
15LYSLYSTHRTHRchain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...AA265 - 313265 - 313
16THRTHRLYSLYSchain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...AA324 - 346324 - 346
21GLUGLULYSLYSchain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...BB26 - 4126 - 41
22THRTHRLEULEUchain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...BB63 - 12663 - 126
23GLUGLULEULEUchain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...BB164 - 194164 - 194
24LEULEUVALVALchain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...BB202 - 262202 - 262
25LYSLYSTHRTHRchain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...BB265 - 313265 - 313
26THRTHRLYSLYSchain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...BB324 - 346324 - 346

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要素

#1: タンパク質 P9-1 / Putative uncharacterized protein


分子量: 42444.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rice black streaked dwarf virus (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q913E4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.4264
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97907, 0.97931, 0.96408
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2010年10月11日
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年10月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.979071
30.979311
40.964081
反射解像度: 3→44.8 Å / Num. all: 24513 / Num. obs: 24512 / % possible obs: 100 % / Biso Wilson estimate: 92.8 Å2
反射 シェル最高解像度: 3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→42.176 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.677 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 36.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2928 974 4.25 %
Rwork0.2426 --
obs0.2449 22911 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 102.768 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 307.94 Å2 / Biso mean: 116.2418 Å2 / Biso min: 36.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.088 Å20 Å2-0 Å2
2--14.088 Å20 Å2
3----28.1761 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4475 0 0 0 4475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6546127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0341743
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
12B2006X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0001-3.15820.4011910.34722703279482
3.1582-3.3560.2853960.3053008310491
3.356-3.6150.30911420.26963122326496
3.615-3.97860.31641310.23623225335698
3.9786-4.55370.24291770.19193222339999
4.5537-5.73490.26291710.202133023473100
5.7349-42.18010.32471660.27263355352196
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.8625 Å / Origin y: -33.7116 Å / Origin z: -34.001 Å
111213212223313233
T0.267 Å2-0.0393 Å20.0014 Å2-0.3451 Å2-0.0215 Å2--0.3222 Å2
L0.7361 °20.2993 °2-0.085 °2-0.8289 °2-0.199 °2--0.7641 °2
S0.0039 Å °0.3219 Å °0.0455 Å °-0.1497 Å °0.1909 Å °0.0282 Å °0.099 Å °-0.2109 Å °-0.0771 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA25 - 367
2X-RAY DIFFRACTION1allB26 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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