PDB-3vjj: Crystal Structure Analysis of the P9-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vjj

タイトル

Crystal Structure Analysis of the P9-1

要素

P9-1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Viroplasm

機能・相同性

Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rice black streaked dwarf virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Akita, F. / Higashiura, A. / Suzuki, M. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A. / Omura, T.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic analysis reveals octamerization of viroplasm matrix protein P9-1 of Rice black streaked dwarf virus
著者: Akita, F. / Higashiura, A. / Shimizu, T. / Pu, Y. / Suzuki, M. / Uehara-Ichiki, T. / Sasaya, T. / Kanamaru, S. / Arisaka, F. / Tsukihara, T. / Nakagawa, A. / Omura, T.

履歴

登録	2011年10月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vjj.cif.gz	238.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vjj.ent.gz	196.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vjj_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vjj_full_validation.pdf.gz	494.4 KB	表示
XML形式データ	3vjj_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	3vjj_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/3vjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6392 3t58-d 4hok-14 4hok-13 1pzn-1 5wa4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: P9-1

B: P9-1

84.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: P9-1

B: P9-1

A: P9-1

B: P9-1

A: P9-1

B: P9-1

A: P9-1

B: P9-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
340 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.284, 127.284, 143.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	chain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	A	A	26 - 41	26 - 41
1	2	THR	THR	LEU	LEU	chain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	A	A	63 - 126	63 - 126
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	chain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	A	A	164 - 194	164 - 194
1	4	LEU	LEU	VAL	VAL	chain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	A	A	202 - 262	202 - 262
1	5	LYS	LYS	THR	THR	chain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	A	A	265 - 313	265 - 313
1	6	THR	THR	LYS	LYS	chain A and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	A	A	324 - 346	324 - 346
2	1	GLU	GLU	LYS	LYS	chain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	B	B	26 - 41	26 - 41
2	2	THR	THR	LEU	LEU	chain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	B	B	63 - 126	63 - 126
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	chain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	B	B	164 - 194	164 - 194
2	4	LEU	LEU	VAL	VAL	chain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	B	B	202 - 262	202 - 262
2	5	LYS	LYS	THR	THR	chain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	B	B	265 - 313	265 - 313
2	6	THR	THR	LYS	LYS	chain B and (resseq 26:41 or resseq 63:126 or resseq...	B	B	324 - 346	324 - 346

#1: タンパク質	P9-1 / Putative uncharacterized protein 分子量: 42444.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rice black streaked dwarf virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q913E4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3.42	64
2

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	0.9
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	2	0.97907, 0.97931, 0.96408

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2010年10月11日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2010年10月11日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	0.97907	1
3	0.97931	1
4	0.96408	1

反射

解像度: 3→44.8 Å / Num. all: 24513 / Num. obs: 24512 / % possible obs: 100 % / B_iso Wilson estimate: 92.8 Å²

反射シェル

最高解像度: 3 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→42.176 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.677 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 36.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2928	974	4.25 %
R_work	0.2426	-	-
obs	0.2449	22911	94.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 102.768 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 307.94 Å² / B_iso mean: 116.2418 Å² / B_iso min: 36.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.088 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	14.088 Å²	0 Å²
3-	-	-	-28.1761 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→42.176 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4475	0	0	0	4475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	4553
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.654	6127
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.111	695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.034	1743

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2006	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
1	2	B	2006	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0001-3.1582	0.4011	91	0.3472	2703	2794	82
3.1582-3.356	0.2853	96	0.305	3008	3104	91
3.356-3.615	0.3091	142	0.2696	3122	3264	96
3.615-3.9786	0.3164	131	0.2362	3225	3356	98
3.9786-4.5537	0.2429	177	0.1919	3222	3399	99
4.5537-5.7349	0.2629	171	0.2021	3302	3473	100
5.7349-42.1801	0.3247	166	0.2726	3355	3521	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 15.8625 Å / Origin y: -33.7116 Å / Origin z: -34.001 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.267 Å²	-0.0393 Å²	0.0014 Å²	-	0.3451 Å²	-0.0215 Å²	-	-	0.3222 Å²
L	0.7361 °²	0.2993 °²	-0.085 °²	-	0.8289 °²	-0.199 °²	-	-	0.7641 °²
S	0.0039 Å °	0.3219 Å °	0.0455 Å °	-0.1497 Å °	0.1909 Å °	0.0282 Å °	0.099 Å °	-0.2109 Å °	-0.0771 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	25 - 367
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	26 - 367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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