[日本語] English
万見
- PDB-3vg8: Crystal structure of hypothetical protein TTHB210 from Thermus th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vg8
タイトルCrystal structure of hypothetical protein TTHB210 from Thermus thermophilus HB8
要素Hypothetical Protein TTHB210
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Alpha and beta proteins (a+b)
機能・相同性Phosphorylase Kinase; domain 1 - #270 / Uncharacterized protein TTHB210-like / Domain of unknown function DUF5602 / Hypothetical protein TTHB210 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / TTHB210-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Agari, Y. / Sakamoto, K. / Agari, K. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein TTHB210, controlled by the [sigma]E/anti-[sigma]E regulatory system in Thermus thermophilus HB8, reveals a novel homodecamer
著者: Agari, Y. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
履歴
登録2011年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: Hypothetical Protein TTHB210
H: Hypothetical Protein TTHB210
I: Hypothetical Protein TTHB210
J: Hypothetical Protein TTHB210
A: Hypothetical Protein TTHB210
B: Hypothetical Protein TTHB210
C: Hypothetical Protein TTHB210
D: Hypothetical Protein TTHB210
E: Hypothetical Protein TTHB210
F: Hypothetical Protein TTHB210


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,14410
ポリマ－129,14410
非ポリマー00
水7,638424
1
G: Hypothetical Protein TTHB210
H: Hypothetical Protein TTHB210
I: Hypothetical Protein TTHB210
J: Hypothetical Protein TTHB210
A: Hypothetical Protein TTHB210
B: Hypothetical Protein TTHB210
C: Hypothetical Protein TTHB210
D: Hypothetical Protein TTHB210
E: Hypothetical Protein TTHB210
F: Hypothetical Protein TTHB210

G: Hypothetical Protein TTHB210
H: Hypothetical Protein TTHB210
I: Hypothetical Protein TTHB210
J: Hypothetical Protein TTHB210
A: Hypothetical Protein TTHB210
B: Hypothetical Protein TTHB210
C: Hypothetical Protein TTHB210
D: Hypothetical Protein TTHB210
E: Hypothetical Protein TTHB210
F: Hypothetical Protein TTHB210


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,28920
ポリマ－258,28920
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area59740 Å2
ΔGint-471 kcal/mol
Surface area86000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.977, 100.160, 106.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical Protein TTHB210


分子量: 12914.449 Da / 分子数: 10 / 変異: L81M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB210 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q53VW9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4148.86
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.80.9M K/Na tartrate, 0.1M Tris-HCl, 40mM magnesium chloride, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法8.80.95M K/Na tartrate, 0.1M Tris-HCl, 45mM magnesium chloride, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B210.9789, 0.9, 0.9795
シンクロトロンSPring-8 BL26B220.9789, 0.9, 0.9795
検出器
タイプID検出器日付詳細
RAYONIX MX-2251CCD2007年9月29日vertically bent two dimensional focusing mirror coated in Rhodium
RAYONIX MX-2252CCD2007年10月6日vertically bent two dimensional focusing mirror coated in Rhodium
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si (111)MADMx-ray1
2Si (111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.91
30.97951
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 61889 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 40.2
反射 シェル冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 5.35 / Num. unique all: 5576 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3795966.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 6258 10.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.207 ---
obs0.201 61889 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.2475 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.25 Å20 Å25.96 Å2
2---4.27 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8469 0 0 424 8893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.792.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 1029 10.1 %
Rwork0.224 9200 -
obs-10229 99.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る