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- PDB-3vep: Crystal structure of SigD4 in complex with its negative regulator RsdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vep
タイトルCrystal structure of SigD4 in complex with its negative regulator RsdA
要素
  • Probable RNA polymerase sigma-D factor
  • Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TRANSCRIPTION / Sigma factor / promoter DNA / anti-sigma factor / MEMBRANE PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / membrane => GO:0016020 / DNA-templated transcription initiation / response to heat / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1300 / Anti-sigma-D factor RsdA, sigma factor binding region / Anti-sigma-D factor RsdA to sigma factor binding region / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1300 / Anti-sigma-D factor RsdA, sigma factor binding region / Anti-sigma-D factor RsdA to sigma factor binding region / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-D factor RsdA / ECF RNA polymerase sigma factor SigD / ECF RNA polymerase sigma factor SigD / Anti-sigma-D factor RsdA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jaiswal, R.K. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium tuberculosis RsdA provides a conformational rationale for selective regulation of sigma-factor activity by proteolysis
著者: Jaiswal, R.K. / Prabha, T.S. / Manjeera, G. / Gopal, B.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
D: Probable RNA polymerase sigma-D factor
C: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
A: Probable RNA polymerase sigma-D factor
G: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
E: Probable RNA polymerase sigma-D factor
J: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
H: Probable RNA polymerase sigma-D factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,81721
ポリマ－73,5688
非ポリマー1,24913
水93752
1
X: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
D: Probable RNA polymerase sigma-D factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6805
ポリマ－18,3922
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
A: Probable RNA polymerase sigma-D factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6805
ポリマ－18,3922
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area7330 Å2
手法PISA
3
G: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
E: Probable RNA polymerase sigma-D factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6805
ポリマ－18,3922
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
4
J: Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522
H: Probable RNA polymerase sigma-D factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7766
ポリマ－18,3922
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area7480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.740, 110.720, 73.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31E
41H
12X
22C
32G
42J

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain D and (resseq 1:68 )D1 - 68
211chain A and (resseq 1:70 )A1 - 70
311chain E and (resseq 1:70 )E1 - 70
411chain H and (resseq 1:71 )H1 - 71
112chain X and (resseq 12:57 )X12 - 57
212chain C and (resseq 12:58 )C12 - 58
312chain G and (resseq 11:57 )G11 - 57
412chain J and (resseq 12:58 )J12 - 58

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein Rv3413c/MT3522


分子量: 8922.765 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3413c / プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P65081, UniProt: P9WJ71*PLUS
#2: タンパク質
Probable RNA polymerase sigma-D factor


分子量: 9469.253 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 141-212 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: sigD, Rv3414c / プラスミド: pET Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P66811, UniProt: P9WGG9*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化温度: 300 K / 手法: oil-batch / pH: 7.4
詳細: 1.0-103M Ammonium Sulphate, 0.1M HEPES, 15-20% PEG 4000, pH 7.4, OIL-BATCH, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月5日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.465 Å / Num. obs: 18114 / % possible obs: 86.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→38.465 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7536 / SU ML: 0.43 / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 位相誤差: 31.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2866 902 5.17 %RANDOM
Rwork0.2427 ---
obs0.245 17437 86.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.232 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 128.79 Å2 / Biso mean: 53.6172 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0236 Å2-0 Å2-1.4024 Å2
2---12.816 Å20 Å2
3---3.7924 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 65 52 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6065009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.135598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7921352
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11D485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.088
12A485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.088
13E503X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
14H498X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.084
21X371X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.084
22C371X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.084
23G372X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
24J364X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5003-2.65690.36131340.28632688282288
2.6569-2.86190.3371430.27522416255993
2.8619-3.14980.34491640.25423078324297
3.1498-3.60530.26931460.24772730287686
3.6053-4.54120.27941410.21512451259277
4.5412-38.46950.25761740.24163172334699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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