PDB-3vdj: Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 na...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vdj

タイトル

Crystal structure of circumsporozoite protein aTSR domain, R32 native form

要素

Circumsporozoite (CS) protein

キーワード

CELL INVASION / TSR / aTSR

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell surface binding / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / heparan sulfate proteoglycan binding / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.698 Å

データ登録者

Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unexpected fold in the circumsporozoite protein target of malaria vaccines.
著者: Doud, M.B. / Koksal, A.C. / Mi, L.Z. / Song, G. / Lu, C. / Springer, T.A.

履歴

登録	2012年1月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月16日	Group: Database references
改定 1.2	2012年5月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vdj.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vdj.ent.gz	31.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vdj_validation.pdf.gz	412.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vdj_full_validation.pdf.gz	412 KB	表示
XML形式データ	3vdj_validation.xml.gz	6.3 KB	表示
CIF形式データ	3vdj_validation.cif.gz	8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/3vdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vdkSC 3vdlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vdl-1 3vdl-3 3vdk-d 3vdl-2 1ull-d 1wvo-d 2e3v-1 3q0h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Circumsporozoite (CS) protein

8.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Circumsporozoite (CS) protein

ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 3 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.515, 66.515, 85.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-413- HOH
2	1	A-464- HOH
3	1	A-469- HOH
4	1	A-470- HOH
5	1	A-489- HOH
6	1	A-499- HOH

#1: タンパク質	Circumsporozoite (CS) protein 分子量: 8902.075 Da / 分子数: 1 / 断片: alpha-TSR domain (UNP residues 310-374) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFC0210c / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q7K740
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M citrate, pH 4.0, 1 M lithium chloride, 20% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.698→50 Å / Num. all: 8234 / Num. obs: 8160 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 1.698→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VDK

3vdk

解像度: 1.698→47.774 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2002	379	4.65 %	RANDOM
R_work	0.1701	-	-	-
obs	0.1716	8157	98.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.857 Å² / k_sol: 0.389 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5904 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.5904 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.2174 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.698→47.774 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	567	0	0	103	670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.972	779
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.325	228
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	82
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	101

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.698-1.9439	0.2716	116	0.2318	2516	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9439-2.4491	0.1975	116	0.1494	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4491-47.7929	0.1884	147	0.1664	2656	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9757	5.8874	4.6695	5.2163	4.1352	3.2782	-0.123	1.0242	-0.4688	-0.4321	0.213	-0.029	0.1555	0.0701	-0.1312	0.2006	-0.0047	-0.0337	0.2252	0.0028	0.1834	-5.0051	-12.9728	6.8709
2	7.3602	2.563	0.6954	7.8772	2.6445	6.5949	-0.1435	0.2398	-0.1925	-0.482	0.0574	0.0171	-0.1514	-0.0776	0.1019	0.1076	0.0217	0.0306	0.1119	0.0066	0.0912	7.163	-2.8702	11.1817
3	9.2056	-4.5394	2.7877	3.3528	-4.4407	9.2773	-0.156	-0.2056	-0.2728	0.4105	0.0559	-0.2528	-0.1622	0.2297	0.0865	0.1221	0.0087	-0.0268	0.1636	-0.0436	0.1486	16.1264	-1.2955	17.5941
4	2.04	1.2133	-1.7669	2.0116	-0.0921	2.8358	0.01	-0.3545	-0.3832	0.126	0.07	-0.3629	0.2188	0.2323	-0.0535	0.1112	0.0164	-0.0204	0.1317	-0.0068	0.1712	9.7155	-10.3315	18.8574
5	7.5597	-0.7113	2.0117	1.9866	-4.0991	8.5144	-0.3	0.1846	-0.4273	-0.1387	0.1063	-0.4861	0.1956	0.0592	0.1548	0.1474	-0.0017	0.0299	0.1343	-0.074	0.2369	22.9605	-6.6905	8.043
6	8.764	2.5641	-7.7172	3.0384	-3.2983	8.6038	-0.2732	-0.1754	-0.6277	-0.2277	0.062	-0.2027	0.551	0.4859	0.2187	0.1691	0.03	0.0035	0.2065	-0.0816	0.207	10.9573	-12.6194	11.0456
7	5.5419	-4.7375	-5.5642	4.0487	4.8384	8.6861	-0.3269	-0.1843	-0.2404	0.5657	-0.1747	0.1628	0.3405	-0.1169	0.2923	0.1867	-0.0306	0.0305	0.2373	0.0323	0.1798	-6.3895	-9.8822	26.1113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 306:312)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 313:322)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 323:327)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 328:346)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 347:359)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 360:370)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 371:376)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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