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- PDB-3vcc: CRYSTAL STRUCTURE OF D-Galacturonate Dehydratase from GEOBACILLUS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vcc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF D-Galacturonate Dehydratase from GEOBACILLUS SP. complexed with Mg
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / enolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 ...: / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Groninger-Poe, F. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF D-Galacturonate Dehydratase from GEOBACILLUS SP. complexed with Mg
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Groninger-Poe, F. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0507
ポリマ－87,8462
非ポリマー2035
水9,908550
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9723
ポリマ－43,9231
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0784
ポリマ－43,9231
非ポリマー1553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area30270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.347, 65.985, 75.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing protein


分子量: 43923.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. (バクテリア) / 株: Y412MC10 / 遺伝子: GYMC10_3367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3EID5
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.2M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月29日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→40.525 Å / Num. all: 84573 / Num. obs: 84573 / % possible obs: 90.93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P3B

3p3b


解像度: 1.64→40.525 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 4220 4.99 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
all0.1812 84573 --
obs0.1812 84573 90.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.333 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4137 Å2-0 Å2-4.7336 Å2
2---1.2534 Å20 Å2
3---1.6671 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→40.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6072 0 11 550 6633
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.078592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0192287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075901
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6397-1.65830.3775360.3879754X-RAY DIFFRACTION26
1.6583-1.67780.3534540.36261236X-RAY DIFFRACTION42
1.6778-1.69830.373810.32591512X-RAY DIFFRACTION52
1.6983-1.71980.4158910.31781902X-RAY DIFFRACTION64
1.7198-1.74240.34081180.30512157X-RAY DIFFRACTION74
1.7424-1.76630.29041400.29062462X-RAY DIFFRACTION85
1.7663-1.79150.31091400.28732716X-RAY DIFFRACTION92
1.7915-1.81820.28131400.27662835X-RAY DIFFRACTION97
1.8182-1.84670.3091480.25482874X-RAY DIFFRACTION98
1.8467-1.87690.32751550.23072927X-RAY DIFFRACTION99
1.8769-1.90930.26151400.22132902X-RAY DIFFRACTION99
1.9093-1.9440.2721470.20852938X-RAY DIFFRACTION99
1.944-1.98140.25381340.19962946X-RAY DIFFRACTION100
1.9814-2.02190.23461700.19062895X-RAY DIFFRACTION100
2.0219-2.06580.25431500.18732949X-RAY DIFFRACTION100
2.0658-2.11390.23551600.17242944X-RAY DIFFRACTION100
2.1139-2.16670.22221830.17052901X-RAY DIFFRACTION100
2.1667-2.22530.19481510.16012950X-RAY DIFFRACTION100
2.2253-2.29080.23331470.16512956X-RAY DIFFRACTION100
2.2908-2.36470.19071490.16242954X-RAY DIFFRACTION100
2.3647-2.44920.2141490.17992944X-RAY DIFFRACTION100
2.4492-2.54730.23091550.17562933X-RAY DIFFRACTION100
2.5473-2.66320.24731650.17822923X-RAY DIFFRACTION100
2.6632-2.80360.20631750.18442958X-RAY DIFFRACTION100
2.8036-2.97920.24311590.18852948X-RAY DIFFRACTION100
2.9792-3.20910.2071630.18682939X-RAY DIFFRACTION100
3.2091-3.53190.21011690.17522961X-RAY DIFFRACTION100
3.5319-4.04250.18231520.1492971X-RAY DIFFRACTION100
4.0425-5.09160.16711360.13793010X-RAY DIFFRACTION100
5.0916-40.5370.16771630.15923056X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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