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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vat | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DNPEP, ZnMg form | ||||||
要素 | Aspartyl aminopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-beta-alpha sandwich / aspartyl aminopeptidase / binuclear metal center / M18 peptidase / MH clan / tetrahedral aminopeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aspartyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kiser, P.D. / Chen, Y. / Palczewski, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Insights into substrate specificity and metal activation of Mammalian tetrahedral aspartyl aminopeptidase. 著者: Chen, Y. / Farquhar, E.R. / Chance, M.R. / Palczewski, K. / Kiser, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vat.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vat.ent.gz | 84.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3vat_validation.pdf.gz | 424.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3vat_full_validation.pdf.gz | 424.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3vat_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3vat_validation.cif.gz | 29.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3vat | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 12||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55039.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: DNPEP / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2HJH1, aspartyl aminopeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG400, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 0.2 M magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月29日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→100 Å / Num. all: 36800 / Num. obs: 36800 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Rsym value: 0.953 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 3VAR 解像度: 2.1→73.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.478 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→73.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
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