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- PDB-3vab: Crystal structure of Diaminopimelate decarboxylase from Brucella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vab
タイトルCrystal structure of Diaminopimelate decarboxylase from Brucella melitensis bound to PLP
要素Diaminopimelate decarboxylase 1
キーワードLYASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / pyridoxal-phosphate / diaminopimelate decarboxylase / diaminopimelic acid decarboxylase / meso-diaminopimelate decarboxylase / DAP-decarboxylase / meso-2 / 6-diaminoheptanedioate carboxy-lyase / lysine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain ...Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diaminopimelate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Diaminopimelate decarboxylase from Brucella melitensis bound to PLP
著者: Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Letesson, J.J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2011年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate decarboxylase 1
B: Diaminopimelate decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7266
ポリマ－96,4442
非ポリマー2824
水13,061725
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area29560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.530, 126.370, 68.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Diaminopimelate decarboxylase 1 / DAP decarboxylase 1 / DAPDC 1


分子量: 48221.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis bv. 1 (マルタ熱菌)
株: 16M / 遺伝子: BMEI0084, lysA1 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YJJ9, diaminopimelate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BrmeA.00771.a.A1 PS01273 at 36.9 mg/mL against JCSG+ E2 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate with 10 then 20% ethylene glycol as step cryo-protectant, ...詳細: BrmeA.00771.a.A1 PS01273 at 36.9 mg/mL against JCSG+ E2 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 2 M ammonium sulfate with 10 then 20% ethylene glycol as step cryo-protectant, crystal tracking ID 228027e2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 54306 / Num. obs: 53634 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 22.068 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 12.53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.1-2.152.90.1745.97108784020376593.7
2.15-2.210.177.1513752385798.6
2.21-2.280.1697.4213332374298.6
2.28-2.350.1498.1613350364699.1
2.35-2.420.1328.8513080355099.4
2.42-2.510.1318.8812630342999.5
2.51-2.60.1219.3712299331699.3
2.6-2.710.1089.9411990322099.7
2.71-2.830.09710.6811491307199.8
2.83-2.970.08412.0611055294699.6
2.97-3.130.08112.5110466278099.6
3.13-3.320.07214.559878262699.4
3.32-3.550.05818.639250246999.2
3.55-3.830.05321.838374230199.2
3.83-4.20.048237768213198.7
4.2-4.70.04924.516822191598.6
4.7-5.420.05221.886341170098.7
5.42-6.640.05418.625462144599.4
6.64-9.390.04522.314166110699.3
9.390.03728.03218161996

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.7 Å
Translation3 Å44.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3n2b

3n2b


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / WRfactor Rfree: 0.2429 / WRfactor Rwork: 0.2019 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8037 / SU B: 9.259 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.2709 / SU Rfree: 0.2158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 2737 5.1 %RANDOM
Rwork0.2212 ---
obs0.2236 53634 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.34 Å2 / Biso mean: 19.4125 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å2-0.6 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6388 0 17 725 7130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024431
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.9799034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.105310807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3825858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.77223.357283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.423151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6681552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021330
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 212 -
Rwork0.256 3497 -
all-3709 -
obs--93.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55660.02290.21880.8205-0.31910.2560.04440.00190.0496-0.207-0.0521-0.06060.12290.01450.00770.25570.0211-0.02120.1957-0.02560.1694-1.777512.54953.6537
20.321-0.21320.08130.54220.03880.0834-0.0148-0.01720.0383-0.07880.01970.03810.00450.0227-0.00490.20920.0081-0.00650.19630.00870.1938-7.804544.87097.6282
37.00822.20545.83550.69821.83974.86330.1755-0.2469-0.7752-0.05370.1938-0.2276-0.0793-0.1965-0.36930.86650.0018-0.09690.27510.01410.2938-21.008826.06495.8494
40.1721-0.06650.21650.3244-0.09810.27330.0256-0.0264-0.0255-0.05260.00060.00780.0406-0.0302-0.02620.1999-0.00190.00530.2007-0.00330.209-2.568518.807715.9959
50.0026-0.01160.01380.4197-0.02160.1379-0.0054-0.0064-0.0060.0247-0.0129-0.07370.00610.02570.01820.19440.0017-0.00910.20880.0020.215314.162519.499637.9006
60.188-0.1632-0.0590.96190.02120.446-0.0003-0.00470.02210.13240.01570.02640.0465-0.0277-0.01540.2066-0.00750.01380.18260.00760.20252.97957.215245.211
70.05510.4322-0.52593.5742-4.37035.34650.23870.00550.02980.91430.16310.3992-1.0919-0.0853-0.40190.6540.0443-0.21920.0524-0.06650.3723.555329.011352.5057
80.01120.00120.05520.3672-0.08220.32560.00880.00080.00770.0278-0.01720.0119-0.0345-0.00910.00840.1880.0070.01270.206-0.00380.21135.527736.259531.6036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 35
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3A247 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4A257 - 422
5X-RAY DIFFRACTION5B-3 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6B162 - 246
7X-RAY DIFFRACTION7B247 - 256
8X-RAY DIFFRACTION8B257 - 422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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