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- PDB-3v9k: Crystal structure of mouse 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v9k
タイトルCrystal structure of mouse 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase complexed with the product glutamate
要素Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / Rossmann fold / nucleotide binding / acting on aldehyde or oxo group of donors / NAD or NADP as acceptor / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Tanner, J.J. / Srivastava, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Three-Dimensional Structural Basis of Type II Hyperprolinemia.
著者: Srivastava, D. / Singh, R.K. / Moxley, M.A. / Henzl, M.T. / Becker, D.F. / Tanner, J.J.
履歴
登録2011年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3876
ポリマ－123,9082
非ポリマー4784
水16,141896
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9560 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area33760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.820, 93.954, 132.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1


分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-562 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 896 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: reservoir: 20-25% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, cryoprotectant: 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月27日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.501→46.977 Å / Num. all: 168017 / Num. obs: 168017 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.501-1.586.70.418159500237280.41897.4
1.58-1.687.30.305169275231270.305100
1.68-1.797.40.217159924217480.217100
1.79-1.947.40.137149531202730.137100
1.94-2.127.40.083138480186970.083100
2.12-2.377.40.058125849169420.058100
2.37-2.747.40.044111761150270.044100
2.74-3.367.40.03194826127780.031100
3.36-4.757.30.0227318199760.022100
4.75-46.9777.10.024037357210.0299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V9J

3v9j


解像度: 1.501→46.977 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.9229 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1691 8509 5.07 %SAME TEST SET AS PDB ENTRY 3V9J
Rwork0.1513 ---
obs0.1523 167897 99.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.218 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 41.58 Å2 / Biso mean: 11.1311 Å2 / Biso min: 3.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3483 Å20 Å2-0 Å2
2--1.8693 Å20 Å2
3----0.259 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→46.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8157 0 32 896 9085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068565
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09111694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6723057
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.501-1.55480.21278250.1866151681599396
1.5548-1.61710.19178450.15751587316718100
1.6171-1.69070.17649190.15051582216741100
1.6907-1.77980.16438110.14211591916730100
1.7798-1.89130.17448090.14181594016749100
1.8913-2.03730.16588400.14131594616786100
2.0373-2.24240.16538190.14171600816827100
2.2424-2.56680.15758500.15011602416874100
2.5668-3.23380.16988920.15761612317015100
3.2338-470.16188990.15281656517464100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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