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万見
- PDB-3v8v: Crystal structure of bifunctional methyltransferase YcbY (RlmLK) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v8v
タイトルCrystal structure of bifunctional methyltransferase YcbY (RlmLK) from Escherichia coli, SAM binding
要素Ribosomal RNA large subunit methyltransferase L
キーワードTRANSFERASE / YcbY / RNA methyltransferase / ribosome RNA / SAH / RlmKL / RlmL
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (guanine2445-N2)-methyltransferase / 23S rRNA (guanine2069-N7)-methyltransferase / 23S rRNA (guanine(2445)-N(2))-methyltransferase activity / rRNA (guanine-N2-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine-N7-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / rRNA methylation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L / Uncharacterized protein family UPF0020 signature. / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / VC0802-like - #30 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP / THUMP domain ...Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L / Uncharacterized protein family UPF0020 signature. / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / VC0802-like - #30 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L-like, FLD domain / RMKL-like, methyltransferase domain / THUMP / THUMP domain / THUMP domain / THUMP domain profile. / VC0802-like / Transcription Regulator spoIIAA / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
octanoyl-sucrose, esterificated at fructose C6 / S-ADENOSYLMETHIONINE / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase K/L
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Su, X.D. / Wang, K.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structure of the bifunctional methyltransferase YcbY (RlmKL) that adds the m7G2069 and m2G2445 modifications in Escherichia coli 23S rRNA
著者: Wang, K.T. / Desmolaize, B. / Nan, J. / Zhang, X.W. / Li, L.F. / Douthwaite, S. / Su, X.D.
履歴
登録2011年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase L
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,4538
ポリマ－157,9222
非ポリマー2,5316
水6,702372
1
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2264
ポリマ－78,9611
非ポリマー1,2653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,2264
ポリマ－78,9611
非ポリマー1,2653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.724, 140.586, 102.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA large subunit methyltransferase L / rlmLK / 23S rRNA m2G2445 methyltransferase / rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase RlmL


分子量: 78961.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rlmL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P75864, 23S rRNA (guanine2445-N2)-methyltransferase
#2: 多糖 6-O-octanoyl-beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / octanoyl-sucrose / esterificated at fructose C6


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 468.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: octanoyl-sucrose, esterificated at fructose C6
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_6*OCCCCCCCC/3=O][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 12%(w/v) PEG 8000 , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 62236 / Num. obs: 58938 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2.2 / Observed criterion σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.6-2.69176.5
2.69-2.8186.3
2.8-2.93194.9
2.93-3.08199.3
3.08-3.28199.9
3.28-3.531100
3.53-3.88190.3
3.88-4.451100
4.45-5.61100
5.6-50199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B78, 3LDG, 3LDF

2b78

3ldg

3ldf


解像度: 2.6→42.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 21.515 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24694 3015 5.1 %RANDOM
Rwork0.18212 ---
obs0.18544 55890 94.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.38 Å20 Å2-4.33 Å2
2---3.96 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9911 0 157 372 10440
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02110299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9611.9713987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61451287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3423.685445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.927151611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0811571
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.891.56453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7210205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65133846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3594.53780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.604→2.671 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 187 -
Rwork0.219 3209 -
obs--74.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93080.01910.74330.27430.16561.22520.0535-0.08480.0161-0.0037-0.0823-0.01420.0608-0.18480.02880.16220.0149-0.02070.08860.00050.068-9.1732.05612.848
20.5992-0.2690.8060.3518-0.77024.0839-0.11970.01840.13670.1071-0.04480.0023-0.30910.06330.16450.3823-0.0622-0.09330.01690.00430.070428.1680.44459.931
30.2529-0.4934-0.13161.6937-0.31534.86890.1417-0.0047-0.1194-0.3495-0.04470.49020.4043-0.3563-0.0970.4553-0.0621-0.20450.0423-0.01120.198514.13-33.84155.421
41.1039-0.35011.12522.11340.47351.65320.1495-0.0022-0.16220.26330.0144-0.01990.2398-0.0125-0.16390.2440.0323-0.08670.0647-0.01250.0843-3.404-32.586-2.56
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 390
2X-RAY DIFFRACTION2A391 - 702
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4B393 - 702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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