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万見
- PDB-3v86: Computational Design of a Protein Crystal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v86
タイトルComputational Design of a Protein Crystal
要素De novo design helix
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational Design of a protein Crystal / Helical Coil / De novo designed helix
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Acharya, R. / North, B. / Saven, J. / DeGrado, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Computational design of a protein crystal.
著者: Lanci, C.J. / Macdermaid, C.M. / Kang, S.G. / Acharya, R. / North, B. / Yang, X. / Qiu, X.J. / Degrado, W.F. / Saven, J.G.
履歴
登録2011年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo design helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,1721
ポリマ－3,1721
非ポリマー00
水00
1
A: De novo design helix

A: De novo design helix

A: De novo design helix


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5153
ポリマ－9,5153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area5470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.470, 35.470, 40.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質・ペプチド De novo design helix


分子量: 3171.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized, De novo design protein

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10mg/ml peptide solution, well solution, 0.01M Cobalt(II) Chloride hexahydrate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.8M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月13日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.505
反射解像度: 2.89→40.16 Å / Num. all: 741 / Num. obs: 711 / % possible obs: 95.95 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 51.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 2.89→3.04 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 11.8 / Num. unique all: 86 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly-alanine model generated from 1COI

1coi


解像度: 2.91→40 Å / Isotropic thermal model: 18.8 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: REFINED TWIN FRACTION IS 0.505 AND TWIN LAW IS -H, -K, L, USED PROTOCOL IMPLEMENTED IN SHELXL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 75 -RANDOM
Rwork0.1752 ---
all0.1775 665 --
obs-651 97.89 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数222 0 0 0 222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0179
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.015
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.168
LS精密化 シェル解像度: 2.91→3.04 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
obs-71 82.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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